古代文物 1958年6月建烟台市博物馆时收藏400余件。至1985年，馆藏古代文
筒形罐
陶鼎
玉壁、玉圭、玉觿
春秋 侯鼎
阳主庙阳主石造塑
侯鼎铭文
奇山所西门
烟台山石刻
光复烟台纪念章
清朱耷柯石双禽图轴
烟台山石刻
烟台山石刻
物达4000余件，其中国家一级藏品28件。
石器。有石器时代板岩打制的斧形器，距今1万年左右；新石器时代云母片岩琢制的石磨盘、石磨棒，距今约6000年；岳石文化板岩磨制的石刀，距今约4000年。
陶器。有夹沙红褐钵形鼎，为已知最早的原始社会新石器时代器物，距今约6000年；夹沙红褐陶塑制人头像，距今约5000年；泥制灰褐陶鸟形鬶，距今约5000年；泥制红陶陶埙，为我国出土的最古老乐器，距今约5000年；素面陶鬲，陶土类粗砂，红褐、灰黑两色杂驳，约为商代晚期和西周早期器具。
瓷器。元代清花玉壶春瓶、钧窑青釉碗，明代永乐年间的青花梅瓶、青花双耳扁壶。
铁器。有秦铁权，清乾隆年间的“宝腾”、“振远”腰刀。
铜器。有西周齐中簋、己侯壶，春秋己侯鬲、己华父鼎、 侯鼎等。
刻石。有公元241年（魏正始二年）用大篆、小篆、隶书3种字体写成的110个字的三体石经，刊记《尚书·君奭》篇；元代阳主石质白色半身像；清光绪年间阳刻篆书“燕台”（烟台山斜卧山顶的天然巨石），阴刻楷书“空峒踞左，之罘横前……”8行40字的刻石。
书画。有明代林良《雪景芦雁图》、无款《杜牧山行诗意图》、朱端芝《泉桃实图》、唐寅《灌木丛篁图》、文征明《观瀑图》、蒋嵩《踏雪寻梅图》轴等及蓝瑛《暮云春树图》卷，清代王铎《行书》、髡残《浅绛山水》、黄慎《采茶老翁图》、金农《古佛图》、朱耷《柯石双禽图》轴等。
善本。有明代《坐隐斋先生自订棋谱全集》1册、《宣和博古图》、《文选补》4册四卷；宋代《六经图》6册六卷；清代《平叛记》2册二卷。
杂项。阳主庙址出土战国晚期玉壁、玉圭、玉觿，汉代玳瑁形漆盒，清代象牙席、乾隆御题白玉瓶、雕花翠烟壶、缂丝董其昌书轴、“天后圣母”仪仗（锡制）等。
近代文物 主要有1905年（光绪三十年）烟台鸟瞰图，1909年（宣统元年）烟台海军学堂全图照片集、辛亥革命烟台独立“建造民国纪念章”、辛亥“光复纪念章”、孙文“品重醴泉”题词、1931年“芝罘俱乐部”志石、“五四”运动时期抵制日货的“烟台国民外交后援会职员证章”、抗日战争时期的石雷、为泗兴印务公司开除工友三告烟台全体工人书、解放烟台战斗详报、1949年“重庆”号起义有功人员武定国的日记等。至1983年底，共馆藏近代文物561件，文献353件，一级藏品2件。
1985年，馆藏文物增加到5554件，一级藏品增加到30件。
