水利局建区前，境内镇、村的水利事业分别由所属县政府的职能部门管理。建区后，东营、牛庄区均设水利站，隶属农业委员会。1985年，牛庄区农业委员会水利站撤销，成立牛庄区人民政府水利科。1986年8月，撤销水利科成立水利局，设办公室、工程股、 农水股和水利施工队，工作人员19人。所辖6个乡镇均设水利站。东营区农业委员会水利站有工作人员5人，所辖2个乡镇均设有水利站。两区合并后，成立东营区水利局，设办公室、工程股、农水股、物资站、水利工程安装队，工作人员24人。1 989年8月，增设水政股、水资源办公室。1993年，设办公室、农工股、水政水资源股、 东营河管理所、广蒲河管理所、水利建筑安装队，工作人员35人。1994年9月，增设水利勘测设计室。 1995年8月成立东营区水政监察中队和东营区河道管理所，同时撤销东营河管理所和广蒲河管理所。1997年，设办公室、农工股、水政水资源股、水政监察中队、水利勘测设计室、河道管理所和水利建筑安装队，有工作人员46人，其中：专业技术人员31人，职工15人。具备独立进行小型水利工程的勘测设计和施工能力。
河务局1928年境内河段属山东河务局下游分局南岸四营的一、二汛。1930年，属山东河务局下游南岸第四分段。1937年，属山东修防处南岸第四分段。1946年5月，渤海行署组建渤海区河务局，改称山东省河务局，驻蒲台县城。境内河段归蒲台县治河办事处管辖。1949～1955年，境内河段属蒲台修防段管辖。1956年2月，蒲台、博兴两县合并后蒲台修防段改称博兴修防段。1958年3月，博兴修防段自王旺庄险工8号坝以下至麻湾险工划归广饶修防段管辖。1961年8月，广饶修防段麻湾分段重归博兴修防段管辖。1983年9月随行政区划调整，山东黄河东营修防处成立，增设山东黄河河务局牛庄修防段，隶属东营修防处，由广饶县代管，工作人员129人。两区合并后，牛庄修防段改称山东黄河河务局东营修防段，隶属东营修防处，接受东营区指导。麻湾、曹店两闸管所改为麻湾、曹店两分段。是年，经东营市公安局批准，增设黄河公安派出所。1990年10月，经山东黄河河务局批准，东营修防段改称东营区黄河河务局。设人秘科、工务科、财务科、开发科和麻湾、曹店、南坝头三个河务段及土方机械施工队。是年6月，设立水政监察所。1996年3月，设办公室、人事劳动科、财务经营管理科、工务科、水政水资源科、工程处，下设麻湾、南坝头、曹店3个河务段。1997年机构未变，有工作人员136人。