《墨经》的辩证法，具有本体论和方法论的双重意义，即首先承认世界按其本性来说是辩证的，其次，认为人们看问题的方法也应当是辩证的。
一、同异交得：同异之辩中的辩证法
墨子及其弟子就“同异之辩”的哲学问题， 提出了“同异交得”，即同异的相互渗透和同时把握的杰出思想。
（一）用异来定义同，把握异中之同
《经上》39说：“同，异而俱于之一也。”即同是相异的事物都具有这一共同方面，这是用异来规定同。《墨经》列举了多种同：“同：重、体、合、类。”B56 “二名一实，重同也。”“不外于兼，体同也。俱处于室，合同也。有以同，类同也”。B57两个名称称谓同一实体，是谓重同。如“墨子”和“墨家学派创始人。”同一个整体的不同组成部分，叫体同，如齐、鲁同属中国。不同个体处于同一空间，叫合同，如二人同在一个教室上课。两个事物有相同之处叫类同，如白马、黄马都是马类，高个子、矮个子都是人类。
《墨经》还谈到法同：“法取同，观巧传”。B58法即标准、方法、规律之意。法也就是事物存在与发展的所以然之“故”。如大圆小圆都符合“一中同长”（一个圆心，等长半径）的“法”，都可用圆规来绘成。小方、大方都符合“柱、隅四权”（四边四角相等）的“法”，都可用矩尺来画成。
从相异的事物中观察同类（相同本质）和同法（相同规律），是认识的重要任务。《经上》百条定义和分类是墨家观察同“类”的例子；《经下》八十余条是墨家观察同“法”的例子。
（二）用同来定义异，把握同中之异
《墨子.大取》说：“有其异也，为其同也；为其同也异”。是说事物有相异之处，恰恰在于有其相同之处；所有的相异，都生长在相同的根基上。从本体论来考察，一切实际存在的东西都是物，“实”（实体）和“物”（事物）两个概念的外延一样大。所以墨子说：“物，达也（外延最大的名），有实必待之名也命之”。B59 “万物毕同”说的是世界的物质统一性，万物都是在客观实在这一点上相同。
《墨经》区分了多种异：“异：二、不体、不合、不类”。B60 “二必异，二也。不连属，不体也，不同所，不合也。不有同，不类也。”B61两个个体必然相异，是谓“二必异”，这与“德国近代哲学家莱布尼茨（1646——1716）的‘相异律’（凡物莫不相异，天地间没有两个彼此完全相同之物）非常相似”。B62不在一个整体之内的两个组成部分叫“不体之异”，如甲的左手和乙的右手。不在一个空间之内，叫“不合之异”，如二人在不同的教室上课。两个事物在某些重要方面没有相同点，叫“不类之异”（本质不同造成的差异），如一块石头与一条狗。
（三）同异交得：同和异的相互渗透与同时把握
“同异交得”，是墨家提出的一个重要概念，即同和异兼得，亦即同中见异，异中见同，同一性和差异性二者相互渗透和同时把握。《经上８９》说“同异交得，放（仿）有无”。为证实“同异交得”的观点，《经说上８９》列举了“有”和“无”的十三个例子：一个人家中富有，但缺乏良好的知识素养，或者一个人穷得身无分文，然而却具备良好的知识素养，这就是“有无”这两种对立性质共存于一人之身。一数跟不同的数比较度量，可以既多且少，如齐疆域比宋、鲁大，而比楚、越小，这是既多且少之一例。利剑的作用在于消灭敌人，铠甲的作用在于保存自己，然而只有消灭敌人才能有效地保存自己，所以利剑有类似于铠甲的作用，即既可致敌“死”又可保己“生”。这是“死生”两种对立性质共存于一剑之身。一位妇女比她女儿长一辈，但比她妈妈少一辈，这是“长少”两种对立性质，共处于一人之身。一个区域的“中央”，可以是另一个区域的“旁边”，一圆的中心可以位于另一圆的周边，这是“中央”和“旁边”这两种对立性质共存于一个空间之中。古代的“霍”字可以指一种水鸟鹤，也可指一个人的姓，所以光说一个“霍”字，就不知道是指一种水鸟，还是指一个人。一个合适的价钱，必是对卖者足够“贵”，而对买者又是足够“贱”，这是“贵贱”两种对立性质共存于一种价钱之身，等等。
墨家不仅总结出了“同异交得”的辩证法思想，而且广泛运用于当时思想界的大辩论中，取得了杰出成就：
１、“坚白相盈”
“坚白，不相外也”B63 “于尺（石）无所往而不得二（指坚白）。异处不相盈，相非是相外也”。B64墨家认为，坚、白这两种相异的性质在同一块石头中是互相渗透、包涵和联系着的，而不是互相排斥、分离和割裂的。即使把一块坚白石打碎，每一小块石头都兼有坚白两种性质。这有力地驳斥了公孙龙“坚白相离”的形而上学、唯心主义的怪论。
２、“是久与是不久同说”
“久”与“不久”为相异的两性质，这两种性质又统一于同一个是（即此，这个），这就是同异交得。如一棵树长了５０年，５０年后被加工成栋梁，那么生长了50年谓之“久”，而就其变成栋梁而言，又是“不久”。《经说下82》说：“是不是，则是且是焉。今是久于是，而不于是，故是不久。是不久，则是而亦久焉。今是不久于是，而久于是，故是久与是不久同说也。”意即由“是”变为“不是”，但这个“是”在未变之前还是“是”。现在这个“是”作为“是”已经存在很久了，而变为“不是”，所以这个“是”又是“不久”。虽然这个“是”是“不久”，但它毕竟存在了一段时间，所以这个“是”又是“久”。现在这个“是”既“不久于是”，又“久于是”，因而可以说是“久”与“不久”的统一。这个“同异义交得”的例子，体现了古代杰出的辩证法和辩证逻辑思想。
3、勇是敢和不敢的同异交得
墨子说：“勇，志之所以敢也”。B65“以其敢于是也命之，不以其不敢于彼也害之”。B66即勇是人的意志敢于做某件事情，但有所敢必有所不敢。敢于为集体、社会、国家的利益牺牲自己，必不敢为个人利益而损害集体、社会、国家的利益。墨家的道德就是可以损己利人，不可损人以利已。敢和不敢这相异的性质共集于一人之身就构成为“勇”。墨家对“勇”的含义，恰当地把握了这一概念的辩证本性，能给人以深刻的启迪。
二、两而勿偏：观察思考的全面性
《墨经》说：“见：体、尽。”B67“特者，体也，二者尽也。”B68 “权者两而勿偏”。B69 “见” 即观察；“体见”即部分观察，只见一面；“尽见”即全面观察，看到两面。“权”即权衡，思考，思考问题时要顾及两面，而不要只顾及一面。
狭义《墨经》（经上下、经说上下4篇）贯彻观察思考的全面性原则，分析了许多对立现象，提出了一系列成对的概念范畴，如小故和大故（必要条件和充分条件）、体和兼（部分和整体）、尺和端（线和点）、知和知心（感性认识和理性认识）、言和意（语言和思维）、敢和不敢、利和害、誉和诽（表扬与批评）、功和罪、赏和罚、同和异、久和宇（时间和空间）、有穷和无穷、止和动、有久和无久、损和益、必和不必、智和欲（理智和欲望）、广和修（长）、能和不能、俱一和惟是（元素和集合）、今和古、欲和恶、有和无，唱与和（主与从）、亲知和说知（直接知识和间接知识），等等。
在《墨子.大取》中，墨家着重论述了对利害进行全面权衡的方法。“于所体之中而权轻重之谓权。权非为是也，亦非为非也。权，正也。利之中取大，害之中取小也。”权的本义是指称锤、标准，通过称杆的杠杆的作用同所称之物相比较，就可知物之轻重，所以权又引申为称量、衡量。由于在人的实践中常常是福与祸同门，利与害为邻，所以对利害的权衡取舍就大有学问。墨家采用全面分析方法，制定出权衡利害的原则是：“两利相权取其大”，“两害相权取其轻”。两利相权取其大，容易决策，因不是被迫的，可以主动争取，从容而为。而两害相权取其轻，就颇费踌躇，不易决策。因为这时很可能由于形而上学思想作怪，什么害处也不想沾，结果倒有可能吃了无法挽回的大亏。例如经商办货，路过人迹罕至的深山老林，遇到拦路抢劫的盗匪，寡不敌众，如果被迫采取“断指（砍掉一个指头）以免身（保全性命）”策略，就勿宁说是祸中取福，害中取利，无论如何这总比失财亡身、人财两空要好得多。
《小取》说：“故言多方（方法、道理）、殊类、异故，则不可偏观也。”不可偏观，即反对片面观察，反对只看到一面就匆忙下结论。又说：“其然也，有所以然也。其然也同，其所以然不必同。”事物的现象相同，其本质、来源不一定相同，因而需作深入全面的分析。《墨经》中“两而勿偏”的全面性原则与“同异交得”的辩证观念，是一脉相承的。事物的矛盾性决定认识的全面性，事物的辩证本性要求应用辩证的分析方法，方法跟对象要一致，否则人们就无法认识世界和改造世界。《墨经》以朴素形式接近了世界观和方法论一致的思想。