1604年（明万历三十二年），韩庄运河通航后，峄县设管河县丞1员，县丞署先驻峄县，清初移驻台儿庄。上自朱姬庄，下至黄林庄，管河110里，由兖州泇河通判统辖。台儿庄、顿庄、万年、韩庄各设闸官署，台儿庄闸官并领侯迁闸务，顿庄闸官并领丁庙闸务，万年闸官并领张庄闸务（清时并领六里石闸务），德胜闸官并领韩庄闸务。八闸有闸夫240名，后增六里石闸夫30名，计270名。吃用沿运各州县府库河道银，并每人给地40亩，后增至50亩，住房两间。闸夫实行5人联名串保，互相牵制，以防逃跑。1902年（清光绪二十八年）废漕运，至中华人民共和国成立，一直没有设立官方航运机构。
1952年10月，山东省交通厅航运局在台儿庄设运河航务管理办事处，配备干部8人，对韩庄运河段之船舶、航道进行丈量调查工作。1953年5月其办事处移驻韩庄，同年5月5日接收了山东省联运公司兖州分公司台儿庄联运站，并成立运河航务办事处台儿庄站，配备站长、会计、安全监督员和业务人员，下设沂河工作组，辖台儿庄船民协会。1954年9月沂河工作组改为沂河站，隶属航务办事处直接领导。1956年元月，撤销台儿庄船民协会，成立台儿庄港木帆船运输合作社，属台儿庄镇领导。1959年6月～1961年4月，台儿庄站改称山东省济宁专员公署交通局台儿庄航运站。1961年4月复改为山东省交通厅运河航运局台儿庄港，领导台儿庄木帆船运输合作社和装卸队。1966年5月1日，再次改为济宁专员公署航运局台儿庄港。1971年10月台儿庄港、台儿庄航运社交由枣庄市交通局管理。
1972年6月23日，建立山东省枣庄市航运办事处（驻台儿庄），为港、闸、航运统一领导的办事机构。1979年4月，设有政工、生产、财务、行政、机料、工程、保卫和港航监督8个职能科室，辖台儿庄港、李庄港、辛安港和台儿庄、刘庄船闸管理所等单位。1980年4月，枣庄市交通局直属的船舶运输大队和台儿庄航运社移交办事处直接领导。
1983年，航运领导机构和办事机构进行改革和调整，枣庄市航运办事处改称枣庄市航运管理处。船舶运输大队、台儿庄航运社分别易名为枣庄市轮船公司和枣庄市航运公司。枣庄市航运管理处下设行政、政工、财务、工程、营运办公室4科1室和港航监督站，辖台儿庄、李庄、辛安、向阳4港，台儿庄、刘庄两闸管所，台儿庄、滕县两航运管理站和枣庄市轮船、航运两公司等单位。管理机构列事业编制，干部为68人。1985年底，全管理处共有干部职工701人。