1601年（明万历二十九年），上自韩庄微山湖口，下至黄道桥长42公里的泇河开通，并建巨梁桥石闸和德胜、万年草闸。是年十分之三漕船航行于泇河。1604年（万历三十二年），为避黄河横冲运道之险，自夏镇李河口引水，经南阳新河至韩庄湖口向东出良城、万庄、台儿庄等地，下至邳州直河口，计开浚260里，并在航道上建有韩庄、德胜、张庄、万年、丁庙、顿庄、侯迁、台儿庄8座斗门式船闸。各闸开挖越河一道，以备泄洪和蓄水，利于通航。至此泇河全线畅通，漕船皆行于泇河，通往船只年达7700余艘。
清朝前中期仍沿用明代所开航道。为治理河道淤塞，先后设立38处浅铺，派设一定数量的徭夫“挑浅淤，防堤岸，拨草打坝，对河道一年一小浚，两年一大浚”。1706年（康熙四十五年）修丁庙、顿庄、台儿庄等闸。1709年（康熙四十八年）修德胜庄闸。1734年（雍正二年）于德胜、巨梁两闸之间增设六里石闸一座。1756年（乾隆二十一年）浚台儿庄以上河道，“水深八尺为度，并修纤道”；“浚德胜、六里石、张庄、万年、丁庙、顿庄、侯迁、台儿庄八闸越河。”1764年（乾隆二十九年）“建湖口新闸，修万年闸金门。次年浚台儿庄至靳口闸运河淤浅”。1779年（乾隆四十四年）冬，“挑台儿庄以上八闸运河”。1783年（乾隆四十八年）冬，修济宁至台儿庄段船闸被水石堤岸工程，并“修韩庄、德胜、丁庙、顿庄、侯迁各闸”，次年清挖运河淤浅，在德胜庄二湾筑束草坝。1796年（嘉庆元年）“挑大泛口运河”。1801年（清嘉庆六年）“挑韩庄以下八闸运河”。1855年（清咸丰五年），黄河改道北徙，在张秋镇切断运道夺大清河入海，京杭运河分南北两段通航，漕运多改为海运，1902年（清光绪二十八年）漕运停止。至民国年间，运道严重淤塞，遂成为季节性通航河道。
中华人民共和国建立初期，韩庄运河淤塞严重，旱季河内多段无水。1958～1972年，为泄洪和排除两岸内涝，对韩庄运河加深加宽，截弯取直，先后进行7次续建治理，使其成为泄洪河流。1972年台儿庄节制闸建成，韩庄运河下游段的万年闸至台儿庄伊（家河）运（韩庄运河）河交汇处15公里形成支流河道，可常年通航。从台儿庄伊运河交汇处以下7.5公里至黄道桥入中运河，为现今通航的主航道。