本区由于受地形和季风的影响，春季雨量小，夏季雨量大，常常有旱灾和涝灾发生。但分布并不一致。东部的萝藤、左庄、峨山、阴平、棠荫为重旱少涝区。运河沿岸的曹庄、坊上、古邵、底阁和甘露沟乡的南部为易涝少旱区。涝灾发生的原因，为客水所积，排泄不畅所致。本区的旱涝发生有周期性和连续性。少雨年6-7年为一周期，如1951-1957年、1965-1971年。多雨年有年际间的连续性，如1958-1964年、1972-1975年。
旱灾
1593年(明万历二十一年)，峄县大旱。
1615年(明万历四十三年)，峄县旱，大饥。
1678年(清康熙十七年)夏，峄县大旱。
1808年(清嘉庆十三年)，峄县旱，大饥。
1813年(清嘉庆十八年)春，峄县大饥，夏大旱。
1824年(清道光四年)夏四月，峄县白虹贯日，6月癸已朔，日食，既大旱，虫食禾。
1918年(民国7年)9月至翌年6月，峄县一带长达8个月无雨，造成特大旱灾，小麦绝产，贻误春播，水源枯竭，生机断绝，人们背乡离井。
1957年3至6月份，连旱100天，春天不能下种，小麦枯黄，人畜吃水困难。麦前气温猛高，干热严重，底阁、甘露沟一带，气温高达36℃。
1988年12月，全区遭受特大旱灾，全年降水量只有492.3毫米，为多年平均降水量的55％。
旱灾是本区的主要灾害，平均10年4至5遇。春旱突出，旱期长，受害面积广。
水灾
1552年(明嘉靖三十一年)，峄县自春正月下雨，至夏4月终雨，复大水，害稼，岁大饥，境内民取草根树皮充饥。无赖剥殍肉为食，至有尚呻吟者遽为人所剥，有司莫能禁。枕籍于沟者无算。
1632年(明崇祯五年)秋，峄县大水。
1788年(清乾隆五十三年)夏，峄县大雨，平地水深丈余，农田淹没尤多，人畜亦有死亡。
1833年(清道光十三年)春，峄县大饥，大水。冬，大雨雪弥月，河水溢。是岁饥民皆取草根树皮以食，多鬻子女者。
1852年(清咸丰二年)春，峄县大雨。岁大歉。
1898年(清光绪二十四年)夏4月，峄县大水，大饥，人多饿死。
1948年(民国37年)，峄县连降暴雨，全县淹土地17.8万亩，绝收庄稼3658亩。
1953年7月22日22时至次日6时许，降雨量达212.2毫米，造成了严重的水灾，全区15个乡镇大部分受灾，2920户，11680人受害，倒塌房屋9661间，淹死妇女2人，伤男10人，女2人，受害农作物71384亩，冲没小麦175280斤。
1972年7月5日，全区普降300年来没遇的特大暴雨，21时至翌日2时，降雨300毫米。暴雨中心阴平镇达313.2毫米，普遍出现洪涝灾害，南王庄尤甚。
风灾
1518年(明正德十三年)6月，黑风自峄县西北而来，薄邑城西关，云雾迅合，雷雨晦冥，屋瓦皆飞，扬沙簸石，大木尽拔。有二龙戏河上(即龙卷风)承水为之断流。剥毁居庐，压死人畜数以百计，禾稼无论。
1774年(清乾隆三十九年)春2月，峄县大风，风五色，昼晦如夜。
1901年(清光绪二十七年)春2月，峄县大风，土雾迷空，午刻雨泥，申时天气五色，入夜方息。
1981年7月8日，龙卷风11级，吴林、左庄、峨山、甘露沟、底阁，庄稼刮坏、树折断。吴林食品站、峨山小学等地围墙刮倒，有的房盖掀起。
1984年6月3日夜，西北大风，伴有冰雹，张店、刘村、侯桥、前湾、徐楼、北关等，菜架全部刮倒，菜打破，麦子打落，刮断电线杆七根，全区经济损失近百万元。
本区大风主要类型有：寒潮大风、高压后部偏南大风、雹雨大风、龙卷风。
寒潮大风：多为东北或偏北方向，一般在冬季发生。范围广，持续时间长。高压后部偏南大风：性干热，范围广，多发生在春末夏初。雹雨大风：多为偏北方向，发生在夏季，范围不大，时间短，但破坏力大。龙卷风：多发生在七八月份，形似漏斗，范围很小，时间短，一但达地面破坏力极强。
雹灾
1516年(明正德十一年)4月，峄县下雨雹，小如牛目，大如杵，禾稼尽伤，人畜亦有伤者。
1814年(清嘉庆十九年)夏，峄县雨雹大如杵。
1817年(清嘉庆二十二年)夏5月，峄县大雨雹，大有如碾盘者，数日不消化，禾尽伤，宿鸟多死。
1841年(清道光二十一年)秋8月，峄县大雨雹，平地雹深尺，阴平社尤甚，菽芋皆伤。
1954年4月，坊上乡一带，下了一场大冰雹，宽1.5公里，麦子全部打毁，打死鸟不计其数，受伤面积达89350亩。
本区的冰雹来自西北方向，且成线形，一般局部受灾，每年都有不同程度的发生。
虫灾
1640年(明崇祯十三年)，峄县大饥，前此，旱，蝗频年，民掘草根剥木皮，皆尽。父子相食，白骨纵横。
1671年(清康熙十年)秋，峄县土蚕伤禾稼。
1716年(清康熙五十五年)，峄县蝗灾。
1784年(清乾隆四十九年)，峄县旱，有蝗。翌年5月，虫害稼，虫食禾苗殆尽。
1802年(清嘉庆七年)夏，峄县大旱，蝗飞蔽天，食禾豆几尽，邑大饥。翌年夏，弥月不雨，蝗败稼。
1812年(清嘉庆十七年)夏，峄县蝗，是岁麦苗枯，蝗自西南来，平地深半尺，所过谷菜皆空，人多流亡。
1821年(清道光元年9月)，峄县生蝼蝈，食小麦。
1943年(民国三十二年)，峄县蝗虫害，作物被啃食殆尽。
峄城区发生的蝗虫种类有：东亚飞蝗、尖翅蝗、花尖翅蝗、小东蝗、短星蝗、黑背蝗、笨蝗、稻蝗、负蝗、棉蝗、沙粒子蝗等11种。
地震
1493年3月26日(明弘治六年二月三十日)，峄县地震，有声如雷。据《山东省历史地震目录》载，此次震中在峄城，震级4级，震中烈度5度。
1796年(清嘉庆元年九月二十六日)，据《山东省历史地震目标》载，峄县地震，震中在峄城，震级三级，震中烈度4度。
1804年(清嘉庆九年)，峄县地震，震中在峄城，(34°N，117.6°E)，震级3级，震中烈度4度。
1831年9月28日(清道光十一年八月二十三日)，峄县地大震。
1841年11月1日(清道光二十一年九月十八日)，峄县地震，震中在峄城(34.7°N，117.6°E)震级3级，震中烈度4度。
1843年10月11日(清道光二十三年八月十八日)，峄县地震，震中在峄城(34°.8°N，117.6°E)震级3级，震中烈度4度。
1847年10月18日(清道光二十七年九月初十)，峄县地震，震中峄城(34°.7°N，117.6°E)震级3级，震中烈度4度。
1851年6月13日(清咸丰元年五月十四日)，峄县地震，声如雷，卯时又震，一月之内屡震。震中峄城(34.7°N，117.6°E)
1968年7月5日，枣庄地区发生地震，震中在峄城区金陵寺东(34°41′N，117°35′E)震级2.2级。
1984年5月22日8时20分21秒，枣庄市发生地震，震中在峄城区底阁北(34°45′N，117°48′E)震级2.5级，震源深度17公里，震中精度1。