2003年3月起，全县卫生系统针对北京、广州等地发生传染性非典型性肺炎疫情，
采取全员动员，制定《传染性非典型性肺炎防治方案》（下简称"非典"），广泛宣传
预防"非典"知识，建立流调稽查队，消毒捕杀队和在主要入境口设置留验站等措施，
境内未发生"非典"病例，全县抗击"非典"取得阶段性重大成果。同年，深化卫生管理
体制改革，在全市率先实现乡镇卫生院上划管理，经费预算列入县财政。2005年3月，
县医院新院开工建设，是全县卫生史上一次性投资最多、建筑面积最大的公益性工程。
同年，桓台县被省政府确定为新型农村合作医疗试点县。县委、县政府把推行新型农
村合作医疗制度和县医院新院建设列入当年为群众办的十件实事之一。其中，把推行
新型农村合作医疗制度纳入对各镇年度千分计奖考核和对各级党政领导干部综合考核
内容，推动全县新型农村合作医疗制度发展。至年底，全县农民参加合作医疗347573
人，参合率86.32%。2006年，继续完善镇村卫生组织一体化管理，按照方便群众、合
理配置资源和便于管理原则， 重新规划设置村卫生室316处。农民参加新型农村合作
医疗359707人，较上年增加12134人，增长3.49%。同年，县医院被山东省精神文明建
设委员会授予省级文明单位称号。