区内有黄河、京杭运河、新万福河三条航道。
黄河航道区内黄河航道西自东明县焦园乡王家堤起，东至梁山县斑店乡庞口村，
流经东明、菏泽、鄄城、郓城、梁山5个县的北部边陲，蜿蜒212公里。1855年(清咸
丰五年)，黄河在河南省兰阳县(今兰考)铜瓦厢决口北移。改道初期，没有稳定的主
河槽，多支分流，河水泛滥于河南、河北、山东三省。清同治末年，开始沿新河两岸
修建堤防，至1875年(清光绪元年)，区内始有官修大堤。1884年(清光绪十年)，黄河
堤防全部修成，至此结束了黄水泛流20余年的局面，使黄河基本稳定在现行河道内。
1938年6月9日，南京国民政府以阻挡日本侵略军西犯为由，在河南省花园口掘口
，河水沿贾鲁河南下夺淮入海，造成全区黄河绝流断航达9年之久。抗日战争胜利后
，南京国民政府撕毁与解放区人民政府签定的“先复堤，后放水”黄河回归故道的协
议，于1946年12月7日在河南花园口开始进行堵口工程。1947年3月15日，花园口堵口
工程合龙，黄河又回归今流水故道，并逐步恢复航运。
京杭运河航道京杭运河在区内河段，北起梁山县戴庙乡十里堡，经大安山，南至
开河乡的五里堡，境内长57公里。该段航道1283年(元至元二十年)通航，1902年(清
光绪二十八年)因河段淤塞漕运停止。1935-1936年，运河改道，由安山西向东北，经
东平县境内豆家庄西，于张家口入大清河。此后，安山至济宁80里河段，因水源不足
，河槽渐浅，不能通航。1959-1960年，开挖了梁济运河，北起梁山境内黄河南岸国
那里，南至济宁地区五里营，全长48.36公里。1969年，从梁山港向南开始通航，南
至郓城新河口以下0.3公里，共计28.3公里。1978-1985年，因水源供给不足，航道阻
塞停航。
新万福河航道西起菏泽市佃户屯乡马庄村，东至济宁地区湘子庙，全长65公里。
河道上有冯集、关桥两个六级船闸。1976年，在旺水季节，由菏泽地区航运办事处组
织试航。通道西自成武县南鲁乡关桥，东至济宁湘子庙，长23.5公里。因上游水源存
在问题，达不到运输条件要求，故一直停航。