菏泽市审计局为正县级单位，下设办公室、法规科、人事科、财政审计科、
行政事业审计科、农业与资源环保审计科、固定资产投资审计科、金融审计科、
企业审计科、社会保障审计科、外资运用审计科、政法审计科12个科室和信息中
心、经济责任审计办公室（正县级事业单位）、投资审计中心（副县级事业单位）
3个事业机构。 局机关现有人员编制78人，其中行政编制43人，事业编制35人，
公勤编制4人。实有73人。
2012年， 菏泽市审计机关完成审计项目845个，查出违规金额315275万元，
其中应上缴财政10604万元，应减少财政拨款或补贴83428万元，应归还原渠道资
金47644万元， 应调账处理金额121722万元；已上缴金额8533万元，已减少财政
拨款或补贴80717万元， 已归还原渠道资金33510万元，已调账处理金额76461万
元；市审计局有39项工作实现了争创一流工作成绩和进位工作目标，经济责任审
计等3项工作经验和做法在全国全省推广， 审计信息化建设、农业发展资金审计
等5项工作受到省审计厅通报表彰，计算机审计方法、优秀审计项目评选等6项工
作在上级部门考核中实现较大跨越或零的突破，投资审计、预算执行审计等16项
工作得到市委、市政府领导批示和肯定，审计质量控制、中小学布局调整审计等
9项工作分别被《中国审计报》、《中国审计》等主流媒体报道。