作为牡丹，古代没有专门的研究机构，但有研究牡丹的花师。如隋、唐、宋等朝
代，除宫廷内有很多专门研究、培植、管理牡丹等花卉的花师外，地方上牡丹集中种
植区的大户人家也有牡丹花师。相传，在隋炀帝时，曹州(今菏泽)就有著名的花师齐
鲁桓在椿树上嫁接牡丹的故事。明、清之时，菏泽牡丹大盛，私家牡丹园众多，著名
的牡丹园有何园、张花园、巢云园、万花村、郝花园、毛花园、赵花园、桑篱园、铁
篱寨花园等。
到新中国的农业合作社时，菏泽牡丹归集体所有，地方政府也把牡丹研究作为大
事来抓，在牡丹集中种植区的赵楼、何楼、王梨庄、毛胡同、李集、洪庙等村庄都成
立了特产队，配备专职技术人员。特产队开始归乡政府直接领导，后来随着大队或行
政村的成立转由大队或行政村领导。为兼顾“丹皮”生产，1964年在原地区药材系统
成立了“牡丹栽培研究室”，商业部拨专款在洪庙租地建起了牡丹“良种田”、“育
种田”。
到80年代，在上级政府的支持下，相继建起几个大型牡丹园，特产队也就转入了
牡丹园， 牡丹园直接归大队或行政村领导。为搞好牡丹科研，1982年4月成立了菏泽
牡丹研究会，以菏泽牡丹研究技术人员为基础，并聘请了喻衡等外地牡丹专家参与。
研究会健全了机构，设名誉理事长、副理事长、秘书长、副秘书长、理事等，并下设
了研究和材料两个小组，三年一换届。后来牡丹专家、北林大教授王莲英等也参与了
菏泽牡丹研究会的活动。该会初建时有研究员三十多名，后发展到一百多人。
为进一步加强对牡丹的科研，1985年由省科委批准，成立了“曹州牡丹研究所”，
隶属于菏泽市农业局。 1989年4月将该所改为“菏泽市牡丹研究所”，正科级单位，
正式独立对外办公，隶属于原菏泽市政府。研究所成立初期，有人员7—8人，由所长、
副所长、技术人员、一般行管人员组成。随着科研和开发项目的增多，人员队伍也迅
速扩大，1992年有干部职工54人，目前已达到一百余人，其中大中专毕业生68人，取
得专业技术职称的科技人员72人(其中高中级20名)。牡丹研究所下设牡丹良种繁育场、
牡丹冷藏厂及办公、科研、生产、财务、政工、信息等科室。1992年在牡丹研究所的
基础上组建了“菏泽市牡丹管理处”，处、所合署办公。同年，国家农业部优质产品
开发中心与研究所联合组建了“北京农丰牡丹开发公司” 。1995年5月，研究所又与
澳大利亚南澳州合资组建了“菏泽牡丹花木有限公司”，配有恒温库、低温库、速冷
库、自动调温玻璃温室、国际直拨电话、轿车、货车等先进的科研办公条件。
20世纪90年代初，牡丹办事处(乡)成立了菏泽牡丹开发总公司，主要任务是搞好
牡丹的科研和开发销售。1999年菏泽市(县级)又成立了菏泽牡丹经济合作协会。牡丹
办事处的高级工程师赵孝知任会长，高级工程师、研究生导师赵孝庆任秘书长。截止
到目前，全市有研究牡丹花卉的技术人员372名(高级52人，中级190名，初级130名)，
仅牡丹办事处就有高级28人，中级45人，初级56人。众多技术人员为菏泽牡丹的科研、
生产和发展做出了突出贡献。