区内古址遍布10个县市，如曹县境内的梁堌堆、普连集、燕陵堌堆遗址；巨野县的冯堌堆、后昌邑、张楼、麒麟台、左堌堆、齐鲁会盟台遗址；梁山县内的青堌堆、贾堌堆、吴堌堆、土山遗址；成武县的大台、文亭山、晏堌堆、刘庄、李河、玉皇庙、白云寺、孙寺、纪河寺遗址；东明县内的窦堌堆、庄寨、朱岗寺、小东湖、牛王庙、来庄遗址；郓城县内的苏庄、寿显寺遗址；鄄城县内的亿城寺、箕山遗址；定陶县的官堌堆、大章寺、左山寺、戴岗寺、梁王台、戚姬寺遗址；单县内的马堌堆、孙堌堆、李堌堆、李园、簸箕堌堆遗址；菏泽市内的安丘堌堆、坡刘堌堆、芦堌堆、青丘堌堆、袁堌堆、塔堌寺、长遗址等。其中最主要有以下几处。
安丘堌堆遗址 位于菏泽市佃户屯乡曹楼村东面200米，因其上曾建有安丘寺而得名。现存堌堆长宽各50米，高3米，四壁较直，断面暴露有文化层。经钻探，遗址堆积甚厚，可达4米以上，总面积5000多平方米，是一处新石器时代至商代文化遗址。1977年12月23日被山东省革命委员会公布为省级文物保护单位。该遗址文化内涵极为丰富，被考古专家注目。山东省博物馆于1969年，菏泽地区文物工作队于1976年，北大考古系于1984年先后对该遗址进行了发掘。找到了商代、岳石、龙山文化堆积层；发现了灰坑、灰沟、陶窑、墓葬和长方形、圆形、长方形圆角的房子等文化遗址；出土了具有岳石文化特点的半月形双孔石刀，以及大量的骨针、骨锥、骨镞等；陶器以灰陶、素面为主，可辨器型有盆、罐、鬲、瓮等。该遗址即具有中原商文化的特点，又具有东夷文化的因素，填补了鲁西南地区龙山文化和商文化之间，以及岳石文化在鲁西南地区的空白。
梁堌堆遗址 位于曹县侯集镇梁堌堆村北。现存堌堆南北35米，东西40米，高5米，形状极不规则。1977年被山东省革命委员会公布为省级文物保护单位。该遗址土质较硬，黑灰色，暴露有龙、山、商、周时期的遗物残片。1976年菏泽地区文物工作队进行调查性试掘，发现了夯土和2座东汉墓。
安陵堌堆遗址 位于曹县韩集镇孙庄东北500米，南北225米，东西150米，面积3375平方米。1945年辟为烈士陵园。1977年山东省革命委员会公布为省级文物保护单位。从其遗址的西侧部面考察，上部为汉代文化层，中部为战国时期文化层，下部为新石器时期文化层。遗址上散布着大量陶片，从采集的标本观察，可以看出器形有夹细砂红陶鬲、夹砂灰陶罐、泥质灰陶绳纹罐、泥质灰陶素面豆等，还有箭、镞等遗物。
青堌堆遗址 位于梁山县李官屯乡青堌堆村西北500米，20世纪50年代堌堆东西长800米，南北宽400米，总面积32平方米。由于蓄洪，现遗址仅存南北40米，东西61米，高3米的缓坡台地。1960年中国科学院考古所，1976年菏泽地区文物工作队分别进行试掘，均未到生土。发现有龙山文化时期方形圆角半地穴式房址、灰坑遗址；石器、骨器、蚌器、陶纺轮、陶网坠等生产工具；罐、碗、钵、鼎、杯、豆、器盖等生活用具；装饰以素面为主，方格纹、蓝纹少量，文化面貌与山东龙山文化城子崖类型比较接近。商代遗物主要有鬲、盆、罐等。此外，还发现商墓2座，东汉墓2座。
莘冢集遗址 位于曹县莘冢集东北端，南北168米，东西192米，总面积32256平方米。1976年、1979年菏泽地区文物工作队曾两次试掘。从出土陶器的质地、陶色、器形和纹饰分析，是一处新石器时期至东周的文化遗址。出土的陶器有10余件，器物有杯、罐、碗、盆、漏斗、带流壶、器盖、网坠、纺轮等；骨器有锥、凿、匕、梭形器等；石器有铲、镰。另外，在发掘时，还发现有台阶、柱洞、灶等遗迹。
官堌堆遗址 位于定陶县邓集乡姜楼村南400米，现存堌堆为柱形，底部南北30米，东西15米，高8米，顶部南北、东西各15米，文化层暴露十分明显，有灰层、烧土面、蚌壳坑、以及竖穴汉墓。采集有石斧、石铲、石刀、骨镞、骨针、陶纺轮、陶网坠、方格纹罐、素面罐、 、鬹、鼎、豆瓮、碗等新石器时代和商、周时期遗物。据《史记·高祖本纪》记载：“五年（公元前202年）二月甲子，王更号，即帝位于定陶”。《集解》“徐广曰：昔汉祖即定天下，即帝位于定陶氾水之阳。张晏曰：氾水在济阴界。”可知刘邦曾在此受天命登基做皇帝，故又名“受命坛”。
西侯楼遗址 位于巨野县昌邑乡西侯楼村西100米，原为高大堌堆，现夷为平地。遗址南北长350米，东西宽120米，面积42000平方米。遗址距今约有5000年，该遗址发掘出大量的遗物；属新石器时代晚期的有鬹柄、鬲足、盆、平底盆、鼎足、花边罐、方格纹罐等；属商代、周代和汉代有有鬲、罐、盆、平口瓮、壶、鼎、豆等。尤其是菏泽地区在该遗址首次发现大汶口文化遗物，从形制、纹饰着，明显具有大汶口文化中晚期的特征。此外，还发现了与曹到莘冢集遗址出土器物相近的属龙山文化范畴的遗物。其中，夹砂灰陶花边罐在区内其他遗址中从未发现过。
张堌堆遗址 位于单县城东南3.5公里，东沟河之面1000米处。遗址南北114米，东西117米，高5米。1971年修公路用土，在堌堆中部偏西挖成75×62米的坑。1976年菏泽地区文物工作队进行调查性试掘。从断壁上可以看出三层文化堆积：第一屋为黄沙土，厚约2米，暴露出宋代砖室墓；第2层为黄褐土，内含礓石，陶片很少，土质较硬，厚约2.5米，暴露出汉空心砖墓、石匣墓；第三层为灰沙土，陶片较多，采集到的标本有夹砂红陶鬲口沿、夹细砂红陶绳纹鬲袋足（足尖很短）、泥质灰陶豆、泥质绳纹灰陶尊口沿等。该遗址年代当为商、周时期。1973年春，遗址被单县革命委员会公布为县级文物保护单位。
肖堌堆遗址 位于郓城县李集乡杨集村东300米，西距黄河大堤1.5公里，为新石器时代遗址。遗址南北长160米，东西宽84米，现已为平地。其主要文化内涵为大汶口、龙山、岳石、商、周、文化遗存，是古代先民的生活聚居之地。因堌堆周围居民为肖姓，故称“肖堌堆”。1979年被公布为县级文物保护单位。
历山庙遗址 位于鄄城阎什口乡历山庙村西，其上建有小学一所。遗址南北长77米，东西宽45米，总在积3465平方米。经铲探得在，文化层堆积厚度为3.7米。从需采集和铲探中共获312件遗物，主要有陶片、人骨、木炭、蚌片、烧土块和金属冶炼渣等。历山庙古遗址所含的器物主要有鬲、罐、盆、杯、瓦等。其文化层较厚，遗迹、遗物丰富，延续时间长，含有龙山文化、商周文化、汉文化遗存。尤其金属冶炼渣的出土，为菏泽地区首次发现，对了解区内古代冶炼业的发展，提供了重要线索。1982年7月，被鄄城县人民政府公布为县级文物保护单位。
荆台遗址 位于东明县东明集镇荆台村东北端，上建有小学教室3间。遗址南北长85米，东西宽25米，略高于四周地表。据传说，遗址原为一台地，人们称作“紫荆台”或“八亩台”、“晒经台”。1980年发掘，遗址地表10厘米以下为文化层，全部为灰褐或灰黑粘土，文化层堆积达6米，内涵丰富。龙山文化遗物以泥质灰陶的方格纹、篮纹、绳比方 罐居多，生产工具有石斧、铲、石镰、蚌刀等。商代文化遗物有泥质、夹砂、灰陶鬲、罐、豆、鼎等器物。此遗址的文化性质为新石器时代晚期（龙山文化）至商代。
郜都遗址 位于成武县护城堤内，今成武县城即座落其上。经铲探，城址东西长3525米，南北宽1800米，总面积约632.5万平方米。文化层上叠压着0.8-1米厚的淤积胶粘土，文化层厚约2.5-2.7米。遗迹众多，有建筑基址、陶圈井，1万平方米内有陶圈井15座，南护城堤中段发现有春秋时期的城垣遗存，还有陶窑。遗物丰富，有尖袋足鬲，有仿铜，有扉鬲、连档鬲、弧盘豆、微弧盘豆、折腹豆、圆底内凹腹罐、平底圆腹罐、宽沿平底盆、高领瓦纹盂、宽斜沿圆底洗、麻点状绳纹陶水管和多样纹饰的板瓦、筒瓦、瓦当等。据考察，其时代始自西周，历经春秋战国，似无变动，而且汉代仍在使用。
晋村杜预，以及而后的郦道元、于慎行、顾祖禹、《城武县志》（道光版）的编者，均云郜国都城在成武县城东南18里的郜鼎集一带。经考古调查，今郜鼎集一带不见两周时期的遗址，虽在该村西有一堌堆遗址，面积不超过3000平方米，故不可能是一处故城遗址，因此，诸家所注郜国都城的位置，显系有误。从遗址面积之广大，遗物之丰富，遗迹之众多考察，城湖遗址是一规模较大的城址，无庸置疑；从遗存时代考察，正值两周时期，故而，此城址似非郜莫属。
昌邑故城 位于巨野县昌邑乡前、后昌邑村。历史上，曾是西汉昌邑国的都城。城垣遗存，首先发现于城角刘村南，残存宽3米，高2米，土呈褐色，杂有石灰沫，土质坚硬，有板筑痕迹；夯土层厚15-20厘米，夯窝圆形，底稍凹，径5厘米。1982年进行复查，北垣长1585米，东垣长1215米，南垣长1720米，西垣长1377米，平面略呈方形。城西现存有“西堌堆”、东北角有“黑堌堆”。前昌邑村内曾发现建筑遗迹、铜箭、铜镞、筒、板瓦、细柄豆、小箅罐；后昌邑村内发现石匣墓，铜弩机；城角刘村南发现石匣墓、陶片。大量的方化遗存，为研究西汉昌邑城的历史提供了充足的实物资料。昌邑，春秋战国时为邑，秦为县，西汉为郡治，江汉兼属兖州刺史部。西汉时，昌邑城内已有了冶铁业和管理冶铁的铁官，是全国49处从事铁器生产的官办工业之一。东汉末，曹操任兖州牧，封费亭侯于此。