文书档案 建国初期，菏泽地区的文书档案工作由秘书兼管。1954年6月，菏泽地委机关档案建立，开始有专人负责管理地委机关的档案。1955年，根据全国、全省党的第一次档案工作会议精神和《中国共产党中央与省（市）级机关文书处理工作和档案工作暂行条例》，地直部分机关和各县县委相继建立了档案室，配备了专、兼职档案人员，分别负责本机关的档案。其后，菏泽专署各委、办、局、院、行、社和各县人委相继建立了档案室。1962年，全区机关文书档案室进一步得到了巩固和发展。至1965年，全区有421处党政群机关档案室，并对以前形成的83654卷不合格的档案进行了清理鉴定，形成49578卷档案，提高了案卷质量。1966年“文化大革命”开始，机关档案工作遭到破坏。1977年后，机关档案工作逐步得到恢复和发展，文书档案工作逐步走向正常化。到1978年底，全区恢复建立机关文书档案室或文书档案工作的单位457个，共保管档案38638卷。到1985年，全区文书档案室发展到1802处（其中包括271处综合档案室），保存文书档案达111546卷。
科技档案 菏泽地区科技档案工作始于1960年。是年2月。国务院批准了国家档案局“技术档案室工作通则”。根据上级指示精神，到1962年底，全区建立技术档案室12处，保管档案3012卷。1963年，地、县档案工作机构建立后，加强了对科技档案工作的指导，科技档案工作有了进一步的发展。但是，由于菏泽工业企业基础较差，发展缓慢，“文化大革命”前只有21个单位建立了科技档案室，保管档案4201卷。
中共十一届三中全会以后，全区科技档案工作逐步得到恢复和发展。1978年，全区建立技术档案室23处，保管档案4906卷。到1981年底，全区科技档案发展到137处；配备专、谦职档案人员186人，保管档案19516卷，资料80110册。1982-1985年间，菏泽地区科技档案室工作得到进一步巩固和发展，各项规章制度进一步健全，档案的整理进一步规范，增加了设备和人员，全区科技档案室发展到157处，保存档案达4万余卷。
会计档案 1984年，菏泽地区档案处和地区财政局根据财政部和国家档案局关于清理积存会计档案工作的文件精神，在东明县进行了清理积存会计档案工作的试点，随后在全区普遍展开。至1985年8月，全区建立清理积存会计档案工作临时领导班子1000多个，班子组成人员5万余名，全区参与清理积存会计档案达5.7万余卷（册）。
地名档案 1984年，菏泽地区档案处和地区地名办公室根据全国、全省地名档案工作会议精神和上级有关文件规定，研究布置了全区地名档案工作任务。1984年10月，郓城县地名档案试点工作结束。到1985年9月，全区地名建档工作全部结束，地名普查形成的25632条材料经整理，共立地名档案1622卷（盒）。其中文书类档案218卷，地名调查和成果类档案1326卷（盒）、编译出版类档案78卷。整理地图1182幅，照片434张。全区建立11处地名档案室，配备11名专、兼职人员，配备58个地名档案专用橱。菏泽地区地名档案工作，在全省创出第一流的水平，山东电视台、山东人民广播电台、《大众日报》均作了报道。
其他档案 1984年，菏泽地区档案处和地区司法局根据全区普遍建立了公证工作机构，并随之产生了大量公证文书材料的实际情况，在上级没有布置，又无经验的情况下，就如何建立公证档案工作做了认真研究。并在菏泽市进行了公证档案工作试点，然后在全区普遍展开。1985年以后，菏泽地区还建立了教学、审计等专门档案。专门档案的建立，改变了菏泽地区室藏档案单一的局面，出现了多门类的综合档案室。