馆库建设 1959年，菏泽专区档案馆及各县档案馆相继建立，库房全是砖瓦平房，建筑陈旧，占地面积很小。1962年全区档案馆库房面积814平方米，1963年增到954平方米；1964-1965年先后增加到1196平方米和1658平方米。1966-1976年“文化大革命”期间，有的档案馆库房被占用，馆库建设没有进展。1979年，地区档案馆在菏泽市中华东路路北始建向阳单面三层楼房一幢，总面积为1100平方米，库房面积为500平方米，。1980年4月竣工投入使用。同时，各县（市）馆库房不断扩建，到1985年，全区档案馆总面积达到4595.3平方米，其中库房面积为2626平方米。
随着档案事业的发展，档案和资料不断增多，县档案馆陆续增添部分设备。1962年，全区档案馆只有218个木制档案橱、架，10部灭火器。至1966年2月，全区11处档案馆共有档案橱639个，其中铁制档案橱288个，木制档案橱、架351个，灭火器30个，灭火桶33个，防火缸20个。1966-1976年“文化大革命”期间，档案馆库房设备遭到不同程度的破坏，有的档案橱、架被挪为它用；防火器材多数已不能使用。1977年“文化大革命”结束后，全区11处档案馆经过恢复、整顿和发展，馆库设备陆续得到更新或添置。1983年，全区11处档案馆新购置铁制档案橱近200个，去湿机11台，空调机11台，电子报警器1部。近几年来，又陆续购置复印机4部、去湿机3部。还购置了档案橱、照相机、放大机、录音机、收音机、装订机、切纸机、自动温湿度计、吸尘器、消防灭火器等。
档案资料征集 区、县档案馆建立初期，接收了旧政府和抗日战争、解放战争时各区、县大量的档案材料，为此，区、县都建立了清理积存文件委员会，组织人员进行整理。到1962年底，全区整理档案8500余卷，收集整理革命历史档案2万余件，全区馆藏档案达25661卷，收集征集各种图书资料达8600余册。1963年，区、县档案对被撤销机关单位的档案材料又进行了整理，共整理3050余卷，整理革命历史档案695卷，并征集了大量图书资料。1963年底统计，全区11处档案馆馆藏档案达38941卷，资料达20242册。1964-1965年，地、县档案馆进一步开展了档案资料的接收与征集工作。1966-1976年底，全区馆藏档案达82127卷，资料达21121册。
“文化大革命”期间,全区11处档案馆遭到不同程度的破坏,有的档案库房被砸,档案文件被抢掠,致使大量档案资料损毁或丢失。
“文化大革命”结束后，地、县档案部门逐步恢复了档案、资料的接收与征集工作。据1977年统计，地、县档案部门共保管档案187个全宗，35449卷。1978年增长到39889卷。1982-1985年，全区地、县档案馆广泛开展了档案资料的接收征集工作，使馆藏档案、资料不断增多。截止到1985年底，全区地、县档案馆馆藏档案822个全宗，110766卷，总长度达2208.42米，其中地区档案馆馆藏档案为83个全宗，15940卷。全区馆藏资料为6633种，50407册，其中地区档案馆馆藏资料为2474种，6600册。全区馆藏的档案主要来源于地、县级党政机关、群团和事业单位形成的文件材料。
档案整理 建国以后，全区集中进行档案的清理鉴定工作有两次。
第一次，根据战务工作需要，菏泽专区档案管理局于1965年1月下达了关于进行档案清理鉴定工作的意见，组建清理鉴定工作领导小组。首先在菏泽县搞档案清理鉴定试点。在试点的基础上，全区档案清理鉴定工作普遍开展。到年底，共清理鉴定档案120467卷，鉴定出需要保存的档案82127卷，其中永久保管的档案24978卷，长期保管的档案25400卷，定期保管的档案31749卷。
第二次，在1972年，根据全省档案工作会议和省委（1972）162号文件精神，召开了全区档案鉴定工作会议，全区11处档案馆，对馆藏档案普遍进行了一次鉴定。
通过两次档案清理鉴定工作，基本上解决了馆藏档案庞杂臃肿、玉石不分的现象，做到了重点突出，有利于管理，便于利用。
档案史料编研 档案史料的编研工作，在60年代已经开始。当时主要是根据各项工作的需要，从档案、资料中选取材料编写了一些资料。如《高产志》、《社会主义新农村十年缩影》、《历年来工作的发展情况》、《行政概况》、《各种基础数字汇编》、《县志》、《社志》、《厂志》、《校志》、《机关大事记》等，从不同角度记述了历史的真实情况，带有浓厚的时代特色。
1980年，地县档案馆恢复后，比较普遍地开展了档案史料的编研工作。到1985年底，全区地、县（市）11处档案馆共编写档案史料和参考资料达100余种，200余万字，为工农业生产、机构改革、编史修志、科学研究等工作提供了系统的资料，有些资料受到有关方面的重视和好评。如菏泽地区档案馆编印的《菏泽地区新民主主义革命时期大事记》、《中共菏泽地委机关组织尚革》、《菏泽地区建国以来历年降雨量统计资料》、《中共冀鲁豫五地委组织沿革简介》、《冀鲁豫五专署组织沿革简介》、《中共冀鲁豫二地委组织沿革简介》、《冀鲁豫二专署组织沿革简介》、《菏泽地区古代各县县名归属沿革简介》、《中国共产党山东省菏泽地区组织史资料》等。各县（市）档案馆编印的有《历届党代会简介》、《历届人代会简介》、《县委组织沿革》、《巨野县两千年灾情资料汇编》、《梁山县建国以来的救灾情况》、《鄄城县村庄史简介》、《东明县历年来黄河水灾和内涝灾害简况》、《定陶县教案志》、《成武县1949年至1981年国民经济统计》、《曹县战史资料》等。