1815年(清嘉庆二十年)建立曹州总镇，隶属于山东巡抚兼提督节制。辖右两营，
兼辖临清、德州、东昌、高唐、寿张、梁山、巨野营。1821年(清道光元年)添置桃源
营，次年添设单县营。1862年(清同治元年)添设濮州营，共12营。营下设汛。区内共
分设定陶县汛、孟家海汛、水堡汛、菏泽县外汛、韩集汛、单县刘家口汛、曹县汛、
成武县汛、白浮图汛、石村汛、郓城县汛等11个汛，分属附近有关营，营设游击1员
、中军守备1员、千总1员、把总3员、经制外委4员、额外外委14员、马兵105名、步
兵434名，官兵共563名，大部驻守城内，部分驻城外防守。
1884年(清光绪十年)山东黄河河务除由巡抚统辖外，于省城设河防总局，贾庄分
局驻菏泽境。是年河标营改组为河防营十一营。各营设管带统辖。有炮船10余只驻菏
泽境防守。1903年(清光绪二十九年)十二月山东河防扩充为18个营。菏南、郓南、金
堤3个营驻菏防守，共有兵丁500余人。
1853年(清咸丰三年)，菏泽区内招募勇营，山东防勇34营中分左右翼防军，左翼
4营防驻菏泽，由曹州总兵统带。
1891年(清光绪十七年)，巡抚福润从曹州镇标中调练步中营训练枪队。1894年(
清光绪二十年)，曹州训练编成练军3营，马队1哨，单县营马队1营，计有兵将1000余
人。
1900年(清光绪二十六年)，甲午战争失败后，清廷开始训练新军。袁世凯为扩大
自己的实力，通过荣禄，将山东原有各防营，汰疲去冗，集成新兵20营，成立了武卫
右军先锋队。曹州镇防军4营编为该军续备军，有兵勇800余人，大部驻防菏泽境内。
1905年(清光绪三十一年)，袁世凯又编出北洋常备军第五镇。陆军第五镇第九协
第十七标驻防单县。标下辖3营，有官长、司书、弁目兵丁1500余人，有夫役200余人
，共计1700余人。
1910年(清宣统二年)建山东防队。包括步队和马队，按地域分为五路。曹州府为
巡防军右路军，由镇总兵张善义兼任统领官。右路军机关设统领官1员(兼第一营管带
)、书记官、会计官、执事官各1员，司书生2名、马弁2名、护兵14名，伙夫2名，官
弁兵夫共24名，下辖步队2营，马队1营，共有兵1600余人，马600余匹。另外，右路
军中设讲武堂一所，选派教练官1名。