菏泽地区处于暖温带，气候适宜，农业历史悠久，生物种类繁多。
植物全区广泛栽培的农作物有禾本科、豆科、锦葵科、旋花科等作物，共23类，
568个品种，其中冬小麦220个，玉米22个，高粱12个，谷子12个，大麦5个，水稻5个，
地瓜12个，大豆13个，棉花42个，芝麻4个，花生9个，麻类5个，绿肥类7个，蔬菜89
个，瓜类40个等。
另外， 由于区内林木属暖温带落叶阔叶林，多为人工栽培。现有树木51个科，1
06个属，228个种，其中，被子植物46科，92属，205种；裸子植物5科，14属，23种。
乔木主要有杨、柳、榆、槐、泡桐、臭椿、苦楝、白腊、桑、柏等，灌木主要有杞柳、
紫穗槐、柽柳等。果树栽培，以蔷微科为主，其次为鼠李科、葡萄科、柿科、石榴科、
胡桃科、芸香科等共16个属，25个种，252个品种，其中苹果66个，梨20个，桃43个，
葡萄31个， 杏32个，木瓜13个，草莓9个，柿子7个，石榴7个，李子6个，樱桃3个，
枣3个，山楂5个，其他7个。
水生植物主要有苇、藕、菱、芡、菰、聚草、蒲草等。此外，还有多种低等植物，
仅东平湖内浮游植物就有7门，35科，68种。
药材植物有81科， 265种。其中有名的地道药材有丹皮、白芍、半夏、地黄、红
花、枸杞、木瓜、山药、草决明、麦冬、香附、槐米等。
动物全区家畜家禽主要有牛、马、驴、骡、猪、羊、狗、猫、鸡、鸭、鹅、水貂、
兔等。其中鲁西黄牛是我国著名的地方优良黄牛品种之一，个体高大，耐粗饲，役肉
兼用。青山羊个体小，省饲料，易管理，繁殖率高，其皮是世界著名的三大毛皮品种
之一。小尾寒羊是我国优良地方品种之一，具有生长快，性成熟早，繁殖率高，遗传
性稳定，可肉裘兼用等特点。斗鸡是中国珍贵禽类，仅在成武、鄄城、菏泽有少量饲
养。
水生动物主要有鱼、 虾和甲鱼。鱼类计有7个目，15个科，44属，56种，以鲤科
最多， 共35种，占总数的62.5％；其次是鳅科、科、鳍科，各有3种，占16.1％；
其它鱼类占21.4％。区内鱼类由两大生态类群组成：纯淡水鱼类约50种，遍及全区，
主要有鲫、鲤、白鲢、乌鳗、长春鳊、鳜、黄鳝、鲶、餐条、麦穗鱼、捧花鱼等；海
淡水回游性鱼类约5种，有鳗鲡、刀鲚、鲈等。虾类有4种，即日本白虾、青虾、秀丽
白虾和细足米虾。甲鱼主要生长在黄河故道，其次是城乡的老坑塘中。
建国初期境内野生动物种类繁多，由于化学药物的使用，多种哺乳动物和鸟类近
于绝迹，仅存的野生动物有黄鼬、野兔、刺猬、猫头鹰、麻雀、鹌鹑、啄木鸟、蛇、
蝉、蝙蝠、螳螂、蟋蟀、蜘蛛、蚯蚓、青蛙等。
药材动物有30科，32种。主要动物性药材有蜂蜜、蜂蜡、土元、蝉蜕、鳖甲、刺
猬皮、猪胆汁、牛黄、鸡内金、蟾蜍、蝎子等。