清代，聊城县设衙署，衙署设知县、县丞、主薄、典史、教谕、训导等。
知县，为正七品，掌全县政令。
县丞，为正八品，丞知县旨意综理全县政务，并掌管戎马、赋税，称二衙、左堂。
主簿，为正九品，管户籍簿册，承办公文，称三衙。
典史，无品级，掌巡察缉捕，管理监狱，称四衙、右堂。
教谕，为正八品，主管文化教育，文庙祭祀，宣扬儒家经典和皇帝训诫，称儒学正堂或儒学东斋。
训导，为教谕副手，称儒学西斋。
县衙署办事机构设有“六房吏房”管官吏考核、调动、升降、任免；“礼房”管典章法度、祭祀、科举、宾仪等；“兵房”管地方武官任用、考查及兵籍、军械、军令等；“户房”管田赋、税务、货币等；“刑房”管监察官署和刑法案件等；“工房”管工程、工匠、屯田、水利、交通、营造等。另设有皂、壮、快“三班”。“皂班”为一般差役；“壮班”负责迎送、拘捕、传递公文；“快班”配有马匹，执行紧急任务。
1911年（清宣统三年）辛亥革命爆发，推翻清朝政府，聊城县衙署解体。
清末，聊城县行政区划：全县设24里，辖802村，村内每10户左右为一牌。另有东昌卫所辖30屯，光绪年间撤卫并入聊城县。
清代晚期聊城县知县更迭表
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┃姓名 │籍贯 │任职时间 ┃
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┃崇亮 │满州镶黄旗 │1841～1845年 ┃
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┃李正仪 │陕西洋县 │1845～1846年 ┃
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┃姚景崇 │直隶清苑县 │1846～1850年8月 ┃
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┃李肇春 │直隶清苑县 │1850.8～1850年10月 ┃
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┃李琛 │江苏上元县 │1850.10～1854年7月 ┃
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┃王福增 │不详 │1854.7～1855年9月 ┃
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┃蔡德沛 │安徽省休宁县 │1855.9～1856年9月 ┃
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┃德铨 │正蓝旗松山 │1856.9～1857年3月 ┃
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┃许济清 │浙江长兴县 │1857.3～1861年4月 ┃
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┃李均 │直隶清苑县 │1861.4～1863年5月 ┃
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┃郑纪略 │湖南石门县 │1863.5～1868年2月 ┃
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┃王世荣 │浙江山阴县 │1868～1873年1月 ┃
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┃王恩湛 │江西 │1873.1～1877年 ┃
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┃汪维亮 │江苏上元县 │1877～1886年2月 ┃
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┃傅淦 │安徽泗州 │1886.2～1887年.2月 ┃
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┃王敬勋 │直隶清苑县 │1887.2～1889年2月 ┃
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┃魏起鹏 │江西南昌县 │1889.2～1890年1月 ┃
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┃王洵 │浙江仁和县 │1890.1～1890年8月 ┃
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┃李保祥 │浙江嘉兴县 │1890.10～1893年1月 ┃
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┃凌芬 │广西临桂县 │1893.1～1895年4月 ┃
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┃葛圭藩 │福建侯官县 │1895.4～1896年6月 ┃
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┃朱行祺 │广西临桂县 │1896.6～1897年6月 ┃
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┃杨耀林 │直隶清苑县 │1897.6～1898年7月 ┃
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┃张朝玮 │河南渑池县 │1898.7～1900年2月 ┃
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┃曹和浚 │江西新建县 │1900.2～1901年1月 ┃
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┃吴艺辰 │浙江钱塘县 │1901.1～1902年2月 ┃
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┃吕耀鼎 │江苏阳湖县 │1902.2～1903年3月 ┃
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┃梁石甫 │河南孟县 │1903.3～1903年8月 ┃
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┃钱应显 │安徽怀宁县 │1903.8～1905年7月 ┃
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（续表）
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┃姓名 │籍贯 │任职时间 ┃
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┃丁其廉 │河南祥符县 │1905.7～1906年1月 ┃
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┃豫咸 │满州镶蓝旗 │1906.1～1907年2月 ┃
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┃向植 │湖北沔阳州 │1907.2～1908年3月 ┃
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┃陈庆藩 │泉塘县 │1908.3～1911年12月 ┃
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