1992年7月，设立威海经济技术开发区管理委员会。1994年9月，升格为副厅级。2000年9月，威海经济技术开发区管理委员会增挂威海出口加工区管理委员会牌子，实行一套工作机构两块牌子的体制。11月，改设威海经济技术开发区（出口加工区）管理委员会（简称经区管委），为威海市人民政府派出机构。
至2010年末，经区管委设管委办公室、人事劳动局、监察审计局、建设局、经济发展局、科技与工业发展局、财政局、社会事业局、出口加工区管理局9个正县级机构；招商局、法制局、市政公用事业管理局、农业经济发展局4个副县级机
构；教育局、目标责任制管理考核办公室（ISO 9001质量管理办公室、ISO 14001环境管理体系推进办公室）、项目推进办公室、统计局、服务业发展局、安全生产监督管理局（安全生产监督大队）、食品药品与交通管理局（农村公路管理局）、环境卫生管理局（环境卫生督察大队）、园林绿化管理局、金融工作办公室、招商信息综合办公室、对韩招商局、国内招商局13个正科级机构。辖崮山镇、泊于镇、皇冠街道办事处、凤林街道办事处和西苑街道办事处。
经区管委机构组织沿革如下：
正县级机构
1992年8月，经区管委内设管委办公室、劳动人事局、财政税务局、经济贸易发展局、规划建设局、工商审计局6个正县级机构；10月，管委办公室与党委办公室合署；11月，规划建设局增挂土地管理局牌子。
1993年2月，设立监察局，为正县级机构，与中共威海经济技术开发区纪律检查委员会、党委组织部、劳动人事局合署；设立社会发展处，为副县级机构。3月，财政税务局增挂国有资产管理局牌子。6月，规划建设局增挂房产管理局牌子。7月，社会发展处增挂民政局、计划生育委员会牌子。9月，经济贸易发展局增挂技术监督局牌子，规划建设局增挂环境保护局牌子。
1994年4月，规划建设局增挂土地转让和建设工程招标办公室牌子。7月，工商行政管理体制调整，经区工商审计局成建制改为威海市工商行政管理局经区分局。9月，撤销财政税务局，设立财政局、地方税务局，一个机构两块牌子。10月，工商审计局更名为经济监督管理局。
1995年5月，监察局不再与党委组织部、劳动人事局合署。6月，劳动人事局更名为人事劳动局；撤销经济贸易发展局贸易管理科、商业贸易办公室，组建经区商业贸易局。
1998年1月，规划建设局更名为建设局。8月，经济贸易发展局更名为经济发展局；财政局(地方税务局)更名为财政局（国有资产管理
局）；经济监督管理局更名为审计局（物价局）；撤销商业贸易局，设立贸易发展局，增挂旅游局牌子；社会发展处升格为正县级，更名为社会事业局。12月，经区地方税务局整体上划。
2000年4月，市、区土地管理体制调整，经区土地管理职能上划。6月，设立威海出口加工区管理委员会，正县级事业单位，增挂威海保税区建设管理委员会牌子，隶属经区管委会。9月，经区管委增挂出口加工区管委牌子，实行一套机构两块牌子的管理体制；设立出口加工区管理局，为正县级机构。
2001年3月，经区管委内部机构精简20%。审计局（物价局）与监察局合并，组建监察审计局，物价职能划入经济发展局；撤销贸易发展局，设立科技与工业发展局；财政局不再挂国有资产管理局的牌子。
2004年4月，科技与工业发展局增挂安全生产监督管理局牌子。2007年10月，不再挂安全生产监督管理局牌子。
副县级机构
1993年5月，设立政策法制处、市政建设公用事业管理处、农业经济发展处。8月，设立项目推进中心，隶属经济贸易发展局。
1998年12月，项目推进中心更名为招商处，变更为隶属管委会；市政建设公用事业管理处更名为市政公用事业管理处。
1999年1月，招商处变更为隶属经济发展局。3月，农业经济发展处增挂农业处、林业处、水利处、农机处、海洋与水产处、畜牧处牌子。7月，招商处增挂外商投资服务中心牌子。
2004年4月，招商处更名为招商局，变更为隶属管委会。9月，农业经济发展处更名为农业经济发展局。
2007年10月，政策法制处更名为法制局；市政公用事业管理处更名为市政公用事业管理局。
科级机构
1993年8月，设立统计中心。
2005年3月，设立目标责任制管理考核领导小组办公室。
2006年6月，目标责任制管理考核领导小组办公室增挂ISO 9001质量管理办公室牌子；设立项目推进办公室。11月，统计中心更名为统计局。
2007年4月，设立服务业发展局。10月，设立食品药品与交通管理局；撤销社会事业局教育体育科，设立教育局；目标责任制管理考核领导小组办公室更名为目标责任制管理考核办公室，增挂ISO 14001环境管理体系推进办公室牌子；安全生产办公室更名为安全生产监督管理局（安全生产监察大队），由隶属科技与工业发展局变更为隶属管委会。
2008年12月，食品药品与交通管理局增挂农村公路管理局牌子。
2010年8月，环境卫生管理办公室更名为环境卫生管理局，增挂环境卫生督察大队牌子，由隶属市政公用事业管理局变更为隶属管委会；园林绿化管理办公室更名为园林绿化管理局，由隶属市政公用事业管理局变更为隶属管委会。10月，设立金融工作办公室、招商信息综合办公室、对韩招商局。11月，设立国内招商局。
撤销正科级事业单位
至2010年末，共撤销12个正科级事业单位：1995年7月撤销驻北京办事处、驻济南办事处。1998年8月撤销驻厦门办事处、驻俄罗斯办事处、驻韩国办事处、驻深圳办事处、驻新加坡办事处。2004年9月，撤销驻北京招商处、社区管理处。2010年10月，撤销招商二局、招商四局；11月，撤销招商三局。