机构
建区初期，经区科技工作由经济发展局负责。1998年8月，设立贸易发展局，内设科技科与技术市场管理办公室。2001年3月，撤销贸易发展局，设立科技与工业发展局，内设科技科、科技创业中心。2004年3月，撤销科技创业中心，设立专利技术办公室。2006年10月，专利技术办公室更名为技术信息专利办公室。2008年8月，设立科技创业服务中心，隶属科技与工业发展局。
科技体制
2003年开始，按照不低于当年财政支出的1.5%提取区级科技三项经费（指国家为支持科技事业发展而设立的新产品试制费、中间试验费和重大科研项目补助费）。2010年，区级科技三项经费达到1400.5万元，占财政支出比重为1.96%。科技三项经费主要用于扶持企业研发项目、研发中心建设、科技成果转化、专利申报、技术改造、节能创新等方面。
2006年6月，管委制定《威海经济技术开发区科技发展基金管理使用办法》，每年从区财政拿出500万元设立科技发展基金，滚动使用，用于扶持企业新产品开发和自主创新，鼓励拥有自主知识产权的企业实现产业化。2007年，扶持山东健人食品科技开发有限公司300万元、威海紫光科技园有限公司130万元和威海康宝生物有限公司70万元。2008年，以贷款贴息的方式扶持威海紫光科技园有限公司400万元、迪沙药业集团有限公司400万元、威海蓝星玻璃股份有限公司100万元、威海天益龙纳米科技开发有限公司100万元，引导企业共投入3.5亿元，使光伏电池、系列无花果产品、大豆蛋白肽等一批高科技成果成功转化。
2008年4月，管委制定《威海经济技术开发区专利资助资金管理办法》，对受理的发明专利申请、实用新型专利申请、外观设计专利申请分别资助1500元、1000元和500元，对向国外及港澳台地区申请发明专利并受理的每项资助3000元。当年共资助专利申请280项。12月，管委制定《威海经济技术开发区企业技术研发中心认定管理办法》，首次在区内规模以上工业企业和科技型中小企业中开展区级企业研发中心认定活动。
2009年1月，工委、管委制定《威海经济技术开发区关于进一步扶持企业发展的试行意见》，扶持企业自主创新、争大做强。2月，为加快打造高层次人才聚集区，建立以企业为主体、以市场为导向、政策合理引导的人才机制，充分调动各类人才的积极性和创造性，管委制定《威海经济技术开发区引进高层次人才暂行办法》，为经区经济社会各项事业又好又快发展提供人才智力保障。
2010年1月，管委制定《威海经济技术开发区关于加强科技创业服务中心建设的意见》，发挥经区科技创业服务中心对全区经济社会发展的重要支撑作用。
科技队伍
建区后，经区工委、管委始终重视科技队伍建设。1995年，全区有专业科技人员1082人，其中工程类技术人员1065人，农业类技术人员6人，工艺美术类技艺人员11人，具有大中专以上学历的1075人，占专业科技人员总数99.4%。至2010年末，全区共有各类专业技术人员3881人，引进院士10人、博士和博士后69人、硕士296人，享受国务院特殊津贴专家和入选国家“千人计划”博士各1人。