1994年12月，威海市公安局环翠分局城子边防派出所划归经区，实行边防大队、边防工作站、边防科、边防派出所合一的工作体制，辖区海岸线长11公里，渔船319条，渔船民653人。2002年6月，城子边防派出所更名为沟北边防派出所。2003年5月，崮山边防派出所、泊于边防派出所由环翠区成建制划归经区，全区有港口6个，渔船894条，渔船民1223人。
1995年，开展反走私偷渡斗争，开展法制宣传12场，受教育群众1200人次，签订反走私、反偷渡责任状469份，查处无证船舶3条。1996年，加强海上治安管理，充实海保队员5人，登记列管沿海重点人员294人。1999年，加大海上违法犯罪案件打击力度。8月，打掉海上盗窃团伙1个，抓获犯罪嫌疑人6人，追回赃款及赃物折款2万余元。2000～2002年，开展船舶普查登记，办理船舶户口簿67本，渔民证2220本，查处违规出海船舶20艘。2005年7月至2006年7月，开展“三访四见”活动。“三访”指访贫问苦、访疾问难、访外问弱，“四见”指看见、敢见、愿见、想见。其间边防官兵走访群众11200户次，帮助群众排忧解难100余件次。2007年，落实“爱民固边”战略。4月，在海西头码头打掉寻衅滋事犯罪团伙，抓获成员5人。沟北边防派出所被省边防总队评为“全省公安边防部队群众工作标兵单位”。2008年，开展“平安村”创建活动，崮山镇所前庄村被全国妇联发展部授予“全国平安家庭示范社区”称号。2009年，加强港船管理和渔船民教育，检查船舶1890艘次，查处违法船舶9条，处罚14人；举办渔船民教育专场会31次，受教育渔船民6500人次。2010年，开展港船管理和禁止越界捕捞专项行动，清查码头及船舶集中停泊点28次，清查各类船舶996艘次，查处违规船舶2艘，处罚4人，下发整改通知书37份。同年10月，沟北边防派出所被公安部授予“一级公安派出所”称号。建区后，未发生走私偷渡案件。