2002年开始，经区开展行政审批制度改革工作，15个区直部门和单位参与，对全区213个行政审批事项进行审查，其中区级行政审批事项124项，审批权在市以上的审查转报事项89项。审查中共查阅各类法律法规规章和其他规范性文件327部（份），审修200万字。经审核，保留行政审批事项200项，取消8项，转化3项，合并2项。审查结果经管委会讨论通过后向社会公布。
2003年4月，管委印发《关于第二轮行政审批制度改革的意见》，开展第二轮行政审批制度改革工作，对全区行政审批事项进行再审查，做到项目再减少、程序再简化、时限再缩短。区直15个部门单位填报行政审批事项200项，经审核，保留149项，其中审批40项、核准29项、登记6项、备案7项、审查转报67项 ；取消43项，占原审批项目的21.5%；进一步缩短审批时限82项，56.1%的审批项目进一步压缩时限，累计压缩审批时限886个工作日，减少的审批时限达到原时限的79.5%，44%审批项目做到即办。5月，设立投资服务中心管理办公室，隶属经济发展局。2005年，市政府先后印发《关于公布保留的市级行政许可项目的通告》和《关于公布保留的市级非行政许可审批项目和备案项目的通知》，公布威海市行政许可清理的结果。据此，同年7月，经区开展进一步清理行政许可事项工作。2007年10月，投资服务中心管理办公室更名为行政服务中心管理办公室，隶属法制局。行政服务中心设立运行后，将与经济发展和群众生活密切相关的行政审批服务事项纳入行政审批服务中心实行集中统一办理，首批设立服务窗口18个，其中行政事业管理单位窗口14个、社会服务窗口3个、中介服务窗口1个。
2008年，统计清理全区行政审批事项，保留行政许可事项46项，非行政许可与备案登记事项40项，比以前减少23项，对审批时限进行提速，采取日巡查、周抽查、月通报等管理措施。同时，装修改造行政审批服务中心服务大厅，设置各种公开服务栏，完善服务设施。2009年，集中清理区直各部门、驻区各单位的行政许可事项、非行政许可审批事项、备案事项和年检事项，确认开
发区行政许可主体及许可事项，确定有合法依据、现行有效的行政许可事项180项（含审查转报58项）、非行政许可审批事项66项（含审查转报26项）、备案事项8项、年检事项38项（含审查转报9项）。同年，各镇、街道统一建设规范的便民服务中心，将各村（社区）的计划生育、社会保障、民政等涉及群众利益的各部门集中到便民服务中心，设置相关窗口，实行“一站式”服务。区国税局、地税分局、公安分局等驻区单位服务窗口纳入全区统一考核管理。2010年，管委投入近10万元优化政务环境，增设财政、教育、宣传等9个服务窗口，管委办公大楼内所有行政事业单位涉及基层企业、群众办理各项手续的，均可在一楼大厅服务窗口办理，群众办事再不用楼上楼下跑。同年，按照行政许可法和行政服务的要求，行政服务中心组织编印《威海经济技术开发区行政服务指南》，对涉及区内31个行政管理部门的行政许可及服务项目的名称类别、项目许可条件、办理程序、收费标准及依据等进行规范汇总。2009～2010年，行政审批服务中心共办理各项服务185467件，按期办结率100%；在对服务对象月均70人次的电话抽查回访中，综合满意率99.9%；收到表扬信和锦旗共计75件（面）。