1993年3月，设立经区群众工作部工会办公室，7月群众工作部增挂总工会牌子。2007年10月，经区工委总工会独立设置。
1999年3月，召开经区工会第一次代表大会。2004年，设立出口加工区园区工会工作委员会。2007年，在各镇、街道建立总工会，分别召开工会第一次代表大会，政工书记兼任总工会主席，同时选举1名兼职副主席。至2010年，有镇、街道总工会5个，联合工会7个，基层工会544个，区总工会派出机构4个，全区会员总数6.7万人。
经区工会有多项工作创新经验被各级工会推广。招聘工会志愿者、选聘职业化工会干部、职工代表竞选、建立职工心理咨询机构等经验做法，被《工人日报》等各类报刊宣传报道；创建劳动关系和谐企业经验做法在全国、全省会议上进行交流，全国和谐企业建设推进会组织参观经区创建现场；企业职工工资集体协商和区域行业工资协商在全市首创；全国首个出口加工区园区企业建会全覆盖。
会员代表大会 经区工会第一次代表大会于1999年3月5～6日召开。会议审议通过区总工会工作报告，选举经区总工会第一届委员会，表彰全区工会工作先进集体和个人。
第二次代表大会于2004年8月12日召开。会议审议通过区总工会工作报告、区总工会第一届委员会财务工作报告和经费审查工作报告，选举经区总工会第二届委员会，表彰全区工会工作先进集体和个人。
创建劳动关系和谐企业 2005年起，在全区开展“劳动关系和谐企业”创建工作。2006～2008年为第一个“三年规划”期，全区有240家企业达到劳动关系和谐企业标准，其中一星级133家、二星级70家、三星级36家、四星级1家。另外，创建工商小企业劳动关系和谐企业10家。2009～2011年为第二个“三年规划”期，至2010年末，全区有星级劳动关系企业300家，其中一星级142家、二星级82家、三星级55家、四星级2家、准星级19家。
困难帮扶 建区后，工会组织积极帮助企业招工，帮助倒闭企业职工集体转岗。每年为全区困难企业和近百名困难职工及子女发放各种特困补助20余万元。
文体活动 区总工会设立后，每年组织形式多样的文体活动。先后举办6次职工足球比赛、3届职工文艺汇演、5次职工书画展。同时，组织威海企业文化月经区广场晚会、打工歌手大奖赛、女职工趣味运动会、单身员工手拉手、工会干部拓展培训等以“咱们工人有力量”为主题的系列活动。崮山镇总工会依托文化站建立职工之家，丰富职工的文化生活。