组织设置
1992年末，全区有基层党支部23个，其中，机关党支部14个、企业党支部9个。1993年1月，原环翠区蒿泊街道划归经区，设立蒿泊街道党委。1994年，制定《关于党的基层组织设置的意见》，先后在经济发展快、实力强的工业公司，如长峰、蒿泊、凤林等3个集团公司设立党委。至年末，全区设立基层党委8个、党总支13个、党支部139个。1997年11月，设立中共威海经济技术开发区委员会区直机关工作委员会、企业工作委员会和外资企业工作委员会。1998年9月，设立中共威海经济技术开发区委员会个体私营企业工作委员会。2000年6月，蒿泊街道划分为皇冠、凤林、西苑3个街道，分别设立党委。2003年5月，崮山镇、泊于镇由环翠区划归经区，镇（街道）级党委增至5个。2008年4月调整理顺区属党组织，在区直机关设立13个党组、保留出口加工区管理局党委、教育局党委、区直机关党委和各镇、街道党委，撤销企业工委、外资企业工委。至2010年末，全区共有党（工）委19个、党总支12个、基层党支部291个。
组织活动
1994年，在全区街道机关干部和农村“两委”成员中开展“双向评议、双向考核”活动。1995年，成立经区基层组织建设领导小组，按照“领导班子好、党员队伍好、工作机制好、工作业绩好、群众反映好”即“五个好”的要求，在农村实施以“上游班子优化、中游班子转化、落后班子改造”为主要内容的“三大工程”。1997年12月，开展创建“五好机关”“五好企业”“五好村”活动，即开展以下三项工作：以领导班子好、干部队伍好、工作机制好、工作作风好、工作政绩好为总要求的机关党建工作；以领导班子好、党员队伍好、工作机制好、工作制度好、工作业绩好为总要求的企业党建工作；以领导班子好、党员队伍好、经济发展路子好、经营体制好、管理制度好为总要求的农村党建工作。并量化、细化具体标准，将党建工作和经济工作有机结合。从区属机关、企事业单位中选派27名年轻干部充实到农村第一线，改善农村干部队伍的年龄、文化结构，打破干部的地域界限和身份界限，逐步实现“工农结合，城乡一体，优势互补，联动发展”格局。1998年11月，在农村开展以“四民主、两公开、双向教育、双向约束”为主要内容的基层民主政治建设活动。1999年，利用计算机技术，开发应用农村财务管理系统“农友”软件，在全国率先实现村账处管（即村里的账目由街道统一管理）电算化，提高财务、政务公开的真实性、可靠性以及群众满意度。2004年，推行农村干部任期目标管理考核，建立健全任期目标管理、监督约束、考核激励等长效机制。2010年，推行村（社区）干部工作月考核、报酬月发放制度，形成良好的激励保障机制。
农村换届选举
农村“两委”换届选举自1998年起实行“公推直选”，每3年一次。2001年，农村党组织换届选举采取“两推一选”。2007年，全区94个
村（社区）有92个进行“两委”换届选举，农
村（社区）党组织书记、村委会主任“一人兼”和“两委”干部交叉任职的比例分别达92.1%和90%，“两委”成员职数比上届减少38人，政治素质高、群众威信高和致富能力强、带领群众致富能力强的“双高双强型”干部比例达80.6%。通过换届全区农村干部职数进一步精简，结构进一步优化，基层组织建设进一步加强。
企业党建
1992～2007年，全区企业党建工作主要依托企业工委、外资企业工委和个体私营企业工委开展，建立由组织部门牵头，工商、个体私营企业工委、企业工委、外企工委、工会、共青团等部门参与的联席会议制度。1995年，坚持“谁兴办企业，谁负责建立党组织”原则，做到“哪里有党员，哪里就有党组织”，为25个新兴经济组织设立党组织，其做法被省委组织部在全省推广。1998年，向非公有制企业选派党建工作联络员。2001年，华夏集团非公有制经济组织党建工作先进经验作为全省唯一非公有制经济组织的代表，在省委七届六次全委会上进行典型交流。2004年6月，华夏集团党委被省委授予“先进基层党组织”称号。通过培养典型，以点带面，促进非公有制经济组织党建工作开展。2008年，企业党建实行属地管理，由街道党委负责，新建“两新”党组织26家，实现全区规模以上非公有制企业党组织全覆盖。至2010年末，“两新”党组织不断健全完善，积极发挥作用，促进企业不断发展壮大。
包村帮扶
1993年，经区确定24个区属机关、企事业单位、直属公司和经济强村结对承包西部山区24个相对落后村。2006年，区直部门联系企业包扶皇冠、凤林、西苑3个街道的18个村（社区）。2008年，调整为区直部门、驻区单位联系企业包崮山、泊于两镇的57个村和7个有城中村改造任务的社区，包村工作成效明显。“十一五”期间，部门联系企业包村帮扶资金1798.5万元，全面完成27个城中村改造拆迁、67个农村环境综合整治任务，实现农村自来水、沥青路、宽带网村村通和健身广场、文化大院、文化书屋全面覆盖。与2005年相比，村（社区）经济总收入增长70%，城镇居民人均可支配收入和农民人均纯收入增长80%，农村社会各项事业实现和谐较快发展。