1992年11月，经区规划建设局增挂经区土地管理局的牌子，行使土地管理局的职能。2000年7月，设立威海市土地管理局经区工作站，为市土地管理局的派出机构。2001年3月，更名为威海市国土资源局经区分局，下设办公室、监察征收科、综合科、地籍管理科4个科室。2003年7月，原威海市国土资源局环翠分局崮山所、泊于所更名为威海市国土资源局经济技术开发区分局崮山所、泊于所，移交威海市国土资源局经区分局管理。2006年7月，增设矿产资源勘察开发管理科和矿产资源储量管理科。2009年8月，内部机构重新调整，综合科更名为耕地保护科，监察征收科更名为执法监察科，地籍管理科更名为地籍测绘管理科，矿产资源勘察开发管理科和矿产资源储量管理科合并为矿产资源管理科，增设土地利用科。