1993年4月28日，国家工商总局印发《关于促进个体私营经济发展的若干意见》（简称《若干意见》），经区工商审计局在贯彻《若干意见》中，提出“放宽政策，放手发展”。同年，区工商审计局鼓励支持兴建新都商城和建材批发市场，带动个体私营经济较快发展。
1993年，经区个体私营企业第一次代表大会召开，通过了协会章程（草案）。1998年11月20日,设立经区个体劳动者私营企业协会办公室。2004年11月，变更为经区个体私营企业协会办公室。主要开展3项工作：普法教育和职业道德教育；文明建设，评选表彰“文明诚信民营企业”“文明诚信个体工商户”；服务会员，举办职业技能培训班，为会员提供劳动技能培训，为遭受水灾、雪灾、火灾和患病会员组织社会捐助。
1994年7月，工商分局根据省政府《山东省私营企业管理暂行规定》，扩大开办私营企业人员范围。至1996年，全区有私营企业83家，注册资本4754万元，个体工商户856家，资金数额643万元。个体私营经济从业人员素质不断提高，企业规模逐步扩大，出现私营合资企业2家、科技服务型企业12家。
1997年，工商分局根据国家发展个体私营经济的有关规定，进一步放宽个体私营经济的经营范围，允许个体工商户和私营企业在取得相关许可的前提下，经营药品、食品、种子、书报刊、音像制品、电子出版物和从事印刷业、建筑安装业等。印发《关于在全区范围内实行〈农村种养业户登记证〉制度的通知》，开始在全区范围内试行农村种养业户登记证制度，鼓励引导农民走一村一品、一村一业的致富道路，培植专业村、专业户，出现一批养殖、种植、捕捞私营业主和长途贩运大户。1998年，工商分局对“假集体”企业进行彻底清理，对名不符实的集体企业逐一调查和审定，按其真实经济性质重新登记发照。年末，全区“假集体”现象全部清理完毕。
2000～2003年，个体私营经济纳入民营经济，国家对个体私营经济经营方式的管理进一步放宽，工商分局贯彻市工商局《促进地方经济发展意见》和《支持民营经济发展40条措施》，废除一切民营经济与其他经济成分不平等的准入条件，除法律法规和国家政策规定外，市场经营领域均允许民营经济进入。鼓励个体私营企业创新经营方式和管理制度，发展物流配送、连锁经营等经营方式。鼓励和支持私营企业采取“整体出售”“一厂两制”“部分租赁”等多种经营方式优化私营企业结构。支持个体业户、私营业主采取多式联运和网上销售经营方式。2002年9月，工商分局贯彻党中央、国务院《关于进一步做好下岗失业人员再就业工作的通知》，落实有关再就业优惠政策，设立再就业登记专用服务窗口，减免行政事业性收费，促进区内再就业，维护了社会稳定。
2005年，工商分局根据国务院《关于鼓励支持和引导个体私营等非公有制经济发展的若干意见》和省工商局《关于促进全省经济结构调整和优化的实施意见》，制定《关于鼓励支持和引导促进个体私营等非公有制经济发展的若干措施》，新登记个体工商户720户，比上年同期增长22.7%；新登记私营企业311家；登记私营企业集团1家。2007年，为促进民营经济发展，工商分局制定《关于大力推进民营经济发展的意见》，登记私营企业375 家、个体工商户2197户。11月29日，经区恒通水产农民专业合作社经工商部门注册登记在泊于镇白马北村成立，是区内第一家农民专业合作社。2009年，制定《关于推进工商职能服务经区经济发展的实施意见》，建立起个体试营业制度。年内，登记私营企业580家、个体工商户1694户、农民专业合作社25个。
在扶持个体私营经济发展的同时，工商分局开展清理整顿无照经营活动，建立清理整顿无照经营常态化工作机制。2007年3月3日，管委制定《关于清理整治无证无照非法经营行为的实施意见》，在全市率先将“清无”工作由部门行为上升到政府行为。12月3日，省政府办公厅印发《关于进一步做好查处无证无照经营工作的通知》，首次明确“查处取缔无证无照经营行为是一项综合执法工作，各地要建立由政府统一组织领导，工商部门牵头协调，有关职能部门各负其责、齐抓共管的长效工作机制”。同年，工商分局牵头卫生、运管、渔政等部门开展10次集中行动，查处并规范无照经营821户，取缔无照经营23户。
至2010年，区内有私营企业集团10个，跨房地产、医药、食品、建筑、贸易等7大行业，集团资金总额近8亿元；私营企业3343家，注册资本40.96亿元；个体工商户8325户，资金数额2.42亿元；农民专业合作社67个，出资总额729.66万元。经过多年发展，个体私营经济由原来单一的服务业、手工业，逐步形成以批发零售贸易业、租赁和商贸服务业为主体，制造业、建筑业占有相当比例的新兴产业格局，经营者素质不断提高，经营规模不断扩大，科技含量不断提高。