注册商标管理
建区初期，区内注册商标管理的职责主要是办理商标注册核转、注册商标验证和宣传商标法律法规。经区工商部门深入企业调查企业商标注册和使用情况，宣传商标法律法规，指导帮助企业设计、注册和使用商标，引导企业运用商标战略开拓市场。至1996年，区内共有有效注册商标21件。
1997年，全区有注册商标28件，注销10件，有效注册商标18件，商标验证率100%，18件有效注册商标持有单位全部建立商标管理组织。 1998年，《中华人民共和国商标法》实施15周年，区内开展系列普法宣传活动。5月，经区净雅大酒店有限公司的“净雅”商标核准注册，是区内首件注册服务商标，全区有效注册商标达32件。1999年，通过商标验证排查出4件闲置商标，加入全市商标转让目录。威海迪沙药业有限公司在6大类产品和服务上申请注册“迪沙”商标，实现跨类别注册，是区内最早的防御商标。8月，“迪沙”商标被列入《山东省重点商标保护名单》。威海迪沙药业有限公司、威海经济技术开发区净雅大酒店有限公司、威海市木工机械厂成为省商标协会会员。全年受理商标注册申请13件，撤回商标注册申请1件，指导企业签订商标许可使用合同3件，变更商标注册人名义及地址4件。
2006年，开展“访企业、抓商标、促注册”活动，以农产品加工、机械制造、海洋食品、旅游、渔具等产业为重点，帮扶企业搞好商标策划和注册，当年注册农产品商标5件。2008年1月14日，国家工商总局商标局核准威海无花果地理标志证明商标正式注册，是全国第一个无花果地理标志证明商标、区内第一个地理标志证明商标。2009～2010年，重点指导企业做好无花果地理标志商标使用、管理和保护工作。
商标印制管理
1996年9月5日，国家工商总局印发《商标印制管理办法》。区内举办商标印制单位的厂长经理、商标印制审查员培训班2期，受训人员90人次。对区内指定印制商标单位进行清理整顿。
1997年，举办企业商标印制员培训班，建立巡查制度，强化对商标印制日常监管。1999年，开展商标印制专项整治行动，执法检查全区37家印刷单位，依法对1家未经批准从事商标印制的企业进行处罚，对6家不符合条件的印刷企业提出整改意见。
至2004年9月，全区12家印刷企业和个体工商户办理印制商标单位证书。9月1日，新修订的《商标印制管理办法》实行，取消印制商标单位证书。其后，商标印制监管工作的重点是查处未经批准超出经营范围印制商标标识，及印制侵犯注册商标专用权的商标标识的行为。
商标侵权案件查处
1995年，根据上级工商局的要求，开展打击假冒注册商标和虚假广告专项执法行动，重点查处印制假冒注册商标标识、侵犯注册商标专用权的印刷企业，生产、制造假冒注册商标商品的窝点和重大侵犯注册商标专用权的案件。
1996～1998年，查处商标侵权案件3起，收缴非法印制的侵权商标标识、包装箱、包装袋等物品200万件。查处经销假冒商标商品案件5起，没收各种假冒名牌酒1839瓶、香烟100条、电池392节、洗衣粉260袋。查处商标侵权案件3起，对长峰市场某个体经营户销售侵犯威海金猴集团公司“金猴”注册商标皮鞋案、区某面粉厂生产销售假冒文登华达粮油工贸公司“万太”商标和牟平面粉厂“玉瀑”商标面粉案、区某酿酒有限公司使用与知名商品近似的名称、包装、装潢案依法进行处罚。
1999年，查处商标违法案件3起，其中非法印制商标标识案1起、侵犯他人注册商标专用权案2起，查获侵权物品31件。2000年，根据市工商局部署，专项整顿专卖店、专修店，查处未经注册商标所有人许可，擅自将其注册商标作为专卖店、专修店名称或者营业招牌，商品来源不清、以次充好、欺骗坑害消费者的行为。对2户营业招牌使用不规范的业主下达限期整改通知书，对1户擅自使用专卖（专修）招牌的经营店变更名称。开展证明商标专用权专项保护工作，对纸箱加工厂、商场、市场、食品加工企业进行检查，重点检查“绿色食品”证明商标使用情况。
2003年，开展打击商标侵权专项执法行动，依法处理某个体商店销售侵犯“红星”牌注册商标专用权的二锅头酒一案，没收侵权二锅头酒40箱。2004年，开展保护知识产权，打击商标侵权专项执法活动，查处商标侵权案件2起，没收商标侵权阀门388个。2007年，以驰名商标、农产品商标、地理标志商标、食品和药品商标及服装商标、化妆品商标、涉外商标为重点，开展保护注册商标专用权专项整顿、华东六省一市商标重点保护专项执法活动。2008年，开展奥林匹克标志专用权保护专项执法活动。2010年，开展上海世博会标志专用权保护专项执法活动。
著名、驰名商标创建
1999年，省工商局成立省著名商标认定委员会，印发《关于认定山东省著名商标的通知》。12月，威海迪沙药业有限公司的“迪沙”、威海经济技术开发区净雅大酒店有限公司的“净雅”商标被认定为山东省著名商标，成为区内最早的著名商标。
2000年，山东华夏集团有限公司的“华夏”商标、威海海马地毯有限公司的海马图形商标、山东蓝星玻璃（集团）有限公司的“威海卫”商标被认定为山东省著名商标。2004年，山东东维木工机械有限公司的“威木”商标，被认定为山东省著名商标。2005年11月14日，山东华夏集团有限公司的“华夏”商标被国家工商总局认定为中国驰名商标，这是区内第一件中国驰名商标，威海环山集团有限公司的“环山”商标被认定为山东省著名商标。
2006年，管委首次组织召开实施名牌兴区战略加快骨干企业膨胀工作大会，印发《关于实施名牌兴区战略加快骨干企业膨胀的意见》，对1家获得中国驰名商标的企业、5家获得山东省著名商标的企业进行表彰。年内，山东健人食品科技有限公司、威海清华紫光科技开发有限公司、威海托罗西服有限公司3家企业的商标被认定为山东省著名商标。
2007年，建立企业驰名、著名商标梯次培育机制，引导企业争创驰名、著名商标，威海蓝星玻璃股份有限公司的图形商标“”被认定为中国驰名商标，红太阳彩印有限公司的“红太阳彩印”服务商标被认定为山东省著名商标。2008年8月25日，市政府调整《威海市实施品牌战略奖励办法》。年内，山东安然纳米实业发展有限公司“安然众合及图”商标被认定为山东省著名商标。2009年，贝卡尔特（山东）钢帘线有限公司的“”被认定为山东省著名商标。2010年，山东燕喜堂医药连锁有限公司的“燕喜堂及图”、经区八河港双岁饭店的“双岁及图”、威海市鲁邦装修有限公司的“鲁邦”、经区泊于果树技术推广站的“威海无花果及图”地理标志商标等4件商标被认定为威海市知名商标。至2010年末，全区有中国驰名商标2件、山东省著名商标6件、威海市知名商标4件。