1992～2010年，经区审计部门主要开展财政审计、行政事业审计、固定资产投资审计、经济责任审计、企业审计等审计业务工作。
财政审计
按审计组织形式，财政审计历经两个阶段。1996年以前，对管辖范围内下级财政预决算实施审计，即“上审下”；随着《中华人民共和国审计法》颁布实施，主要有“同级审”和“上审下”两种形式。由于经区审计机关属基层审计，故自1996年起，实施同级预算执行审计。
同级预算执行审计主要包括两部分：1.“核
心”审计。主要有本级财政预算执行以及预算外资金的管理和使用情况审计，地税税收征收管理情况审计及地方金库预算资金的收纳、退付、支拨情况审计。2.“外围”审计。主要有行政事业单位本级预算执行以及预算外资金的管理和使用情况审计，国有企业与本级预算执行有关情况审计。1996～2010年，完成同级预算执行审计项目15个，涉及单位111个，查出违纪违规金额45096万元，其中缴入地方国库18734万元，追还被转移、挪用、截留的各项资金624万元。
行政事业审计
区内行政事业审计从1993年5月开始，1994年实行定期审计（即经常性审计），1998年开始对行政事业单位财务收支进行全面审计。至2010年末，累计审计55个行政事业单位，查出违纪违规金额1683万元，上缴财政304万元；查出私设“小金库”3个，金额45万元，追回侵占挪用各项资金19万元，移送司法机关处理1人，建议给予行政处分1人，经济处罚3人。
典型案例 1993年5月13日至7月10日，对威海出口加工区接待处1993年5月以前的财务收支情况进行审计，查出财产商品丢失8万元，涉及经济犯罪7万元，作出将单位原法定代表人移送司法机关处理、收回违规资金7万元的审计决定。
1994年6月17日至8月16日，对全区24个行政事业单位财政收支状况进行审计，查出超标准收费261万元、白条抵库53万元、未经领导签字报销15万元、账外资产221万元等问题，均依法进行处理。
1994年6月17日至8月16日，对区高级中学1993年度财务收支情况进行审计，查出超标准收取学杂费34万元、账外资产4万元的问题。对超标准收取的学杂费34万元予以没收，上缴入库；对账外资产4万元，责令纳入单位账内核算。
1994年12月至1995年5月，对区高级中学1994年度财务收支情况进行审计，查出私设“小金库”3个，累计资金45万元；超标准乱收费29万元，乱发各种补贴7万余元等问题，作出没收“小金库”资金余额6万元、对3名直接责任人处以300～1200元罚款的审计决定。纪检监察部门根据审计局的建议，经立案查处，给予该校校长行政处分，并建议调整会计人员。
固定资产投资审计
1993年开始对建设项目实施开工前审计。1999年7月，根据国家行政审批制度改革的要求，管委取消开工前审计。1993～1999年，进行开工前审计项目68个，计划投资额3.4亿元。1997年开始固定资产投资结算审计。2003年5月，管委印发《威海经济技术开发区财政性资金基本建设项目审计监督管理暂行规定》，在全市率先开展对固定资产投资实施全程审计监控，审计范围涉及财政资金基本建设项目从项目立项、招投标、合同签订、施工过程到竣工结算全过程。2005年1月，设立经区投资审计办公室，专门从事固定资产投资审计工作。1997～2010年，审计固定资产投资建设项目176项，涉及投资金额98087万元，审减工程项目造价13125万元。
参与投资审计监督 2003年开始对固定资产投资项目的招投标、征地拆迁补偿、政府采购等活动实施审计监督。2003～2010年，参与招投标审计监督263项，招标金额3.9亿元；参与拆迁及补偿项目审计监督40个，金额8323万元；参与征地补偿项目审计监督63个，金额5503万元 ；参与政府采购审计监督117项，总金额8549万元。
经济责任审计
1994年8月，开始开展经济责任审计工作。2001年5月，设立经济责任审计办公室，审计范围不断拓展，审计内容逐步深化，审计方法日益改进，审计影响力进一步增强。1994～2010年，完成经济责任审计项目98个，其中离任审计81个、任中审计17个。查处违规金额21382万元，其中，查处私设“小金库”1个，金额10万元；上缴财政1011万元，追回侵占集体财产42万元；向公安机关移送1人，建议纪检监察机关查处1人，决定经济处罚1人。
党政机关领导干部任期经济责任审计 1994～2010年，对45名党政机关领导干部实施任期经济责任审计，其中：县级领导干部32人，科级13人。查处违规金额7927万元，上缴财政金额112万元。
事业单位领导干部任期经济责任审计 1999～2010年，对48名事业单位领导干部实施任期经济责任审计，其中：县级干部14人，科级干部34人。查处违规金额3474万元，上缴财政344万元。
企业领导人员任期经济责任审计 1994～2010年，对5名离任企业领导人员开展任期经济责任审计，其中包括集体企业领导人员2人。查处违规金额9981万元，上缴财政金额555万元，向公安机关移送1人，建议纪检监察机关查处1人。
企业审计
1994年开始，对区属国有企业资产负债损益情况进行审计。2003年起，对在区内投资企业是否享受管委优惠政策进行认定，即优惠政策兑现审计。至2010年末，累计审计94家企业，其
中：企业资产负债损益审计36家，优惠政策兑现审计58家。
资产负债损益审计 1994年8月，审计经区联发实业公司1993年3月至1994年8月资产、负债、损益情况，查出该单位违规金额375万元，公司主要负责人采用虚开发票、制订假合同等手法贪污侵占国有财产58万元的事实。1996年7月，审计经区外商投资服务公司1992年1月至1996年6月资产、负债、损益情况，查出私设“小金库”
1个、金额9万元，少缴税金5万元。1999年10月，审计经区粮油总公司1998年度资产、负债、损益情况，查出该单位未将财政拨入的粮油差价款30万元入账，存在私设“小金库”现象。2000年6月，审计威海中兴房地产发展公司1992年12月12日至1999年10月31日资产、负债、损益情况，查出违规计提拆借资金利息3109万元，少缴税金32万元。2002年1月，审计威海市长峰建筑工程公司2001年1月1日至11月30日的资产、负债、损益情况，查出偷漏税金61万元，私设“小金库”1个、金额756万元，以财务人员的名义将公款存入个人储蓄236万元。2003年8月，审计威海泰昌房地产开发有限公司2000年1月至2002年12月的资产、负债、损益情况，查出该单位少缴税金37万元及少转收入成本等问题合计4710万元。对于上述审计发现的违反国家规定行为，均按照相关法律法规进行处理、处罚。以上审计项目均获当年全市优秀审计项目。1994～2010年，累计审计企业36家，查出违纪违规金额18667万元，上缴财政175万元，追回侵占挪用专项资金83万元，移送司法机关和纪检监察机关处理各1人。
优惠政策兑现审计 1997年，为发展地方经济，加快招商引资步伐，促进对外开放和外向型经济发展，管委相继制定一系列招商引资优惠政策。进区投资企业与管委签订《投资协议书》，双方约定，进区外资企业在实际到位注册资本、内资企业在实际到位固定资产投资额达到约定额度的前提下，管委在土地价格等方面向进区投资企业兑现优惠政策。
2003年，对威海海马地毯有限公司投资到位情况的审计，标示着经区优惠政策兑现审计的开始。2006年起，随着审计项目的不断增多，审计过程中遇到的问题变得越来越复杂，协议约束条件也不断增加，除注册资本、固定资产投资外，税收、实现地方财政收入等指标开始写入协议条款，药号、专利技术等无形资产的投入也陆续在一些投资企业中占有相当份额，这些特殊情况的出现，给审计工作带来诸多困难。为此，管委成立政策兑现审计领导小组，实行审计部门牵头，多部门参与，共同审计、集体定性的审计模式。
2003～2010年，完成审计项目58个，协议约定固定资产投资28.2亿元，企业提报金额31.2亿元，审计认定金额26.5亿元，审减4.8亿元；协议约定到位注册资本2.6亿美元，企业提报2.7亿美元，审计认定2.7亿美元；建议管委不给予9家企业兑现优惠政策，为管委节约财政资金5522万元。2006～2008年，优惠政策兑现审计连续3年被市审计局评为全市审计业务创新优秀工作成果。