1992年经区成立后，计划指标大幅减少。除煤炭、钢材、木材、水泥、生铁、铜、铝、锌、烧碱、纯碱、橡胶、轮胎、食盐、化肥、火柴仍实行指令性计划外，其他工业产品均实行指导性计划管理，一般商品实行市场调节。计划工作由以行政手段管理为主转为以经济手段管理为主。同年5月，省政府批转省计划委员会等部门《关于建立我省新国民经济核算体系的报告》，确立新的国民经济核算体系框架。年度计划工作主要通过市场和经济走势的分析预测，进行国民经济总量和结构的平衡，研究提出宏观调控的目标和重大政策措施，设置以国内生产总值为综合指标的经济增长率、利用外资及出口总额、全社会零售物价总指数、人口自然增长率等宏观调控指标。固定资产投资计划审批权限进一步放宽，经区获得投资在1000万元以下符合产业政策的自筹资金项目的审批权限。
1993年，为适应城镇化进程的快速发展，经区开始把“农转非”、山东省地方城镇户口计划纳入国民经济和社会发展计划体系。对现行户籍制度进行较大改革，取消按是否吃商品粮划分农业与非农业户口性质的做法，废止“农转非”制度，以常住户口、暂住户口、寄住户口3种户口形式为基础，以居住地登记、迁徙和暂住规定等制度为内容，以居民身份证、公民出生证为证件管理主体，组成配套的户籍管理制度。1997年，研究生、大中专毕业生分配计划工作由计划系统转到人事系统。1998年开始，把扩大内需作为经济发展的基本点和长期战略方针，适时实施积极的财政政策和稳健的货币政策。2001年5月，取消对“农转非”、山东省地方城镇户口的计划管理，相关业务转移到经区公安分局。
2002年4月，根据省计委印发的《山东省基本建设项目登记备案暂行办法》，经区对由企业自主决策、使用自有资金、商业银行贷款或者通过市场融资投资建设的竞争性项目，取消项目建议书和可行性研究报告的审批，以项目登记备案证明取代项目审批文件。2004年7月16日，根据国务院《关于投资体制改革的决定》，经区开始探索通过深化改革和扩大开放，最终建立起市场引导投资、企业自主决策、银行独立审贷、融资方式多样、中介服务规范、宏观调控有效的新型投资体制。9月15日，国家发改委印发《企业投资项目核准暂行办法》，规范政府对企业投资项目的核准，明确实行核准制的投资项目范围，划分各项目核准机关的核准权限，并根据经济运行情况和宏观调控需要适时调整。11月30日，国家发改委、商务部发布《外商投资产业指导目录（2004年修订）》，新目录在保持国家吸收外资政策连续性和稳定性的同时，对原目录进行部分调整, 原国家计委、国家经贸委和外经贸部发布的《外商投资产业指导目录》同时废止。
2005年1月，根据省发改委《关于外商投资项目核准暂行管理办法的通知》，经区对外商投资项目的管理由审批制改为核准制，国务院有特殊规定的除外。其中总投资3000万美元以下的鼓励类、允许类项目由经济发展局按照现行管理权限核准，其中总投资1000万美元及以上的项目由市发改委核准后，抄报省发改委。2007年10月31日，国家发改委和商务部联合印发《外商投资产业指导目录（2007年修订）》，2004年11月30日国家发改委、商务部发布的《外商投资产业指导目录（2004年修订）》同时停止执行。同年11月，根据国务院《关于加快和规范新开工项目管理的通知》，经区依法加强和规范新开工项目，切实从源头上把好项目开工建设关，维护投资建设秩序，以促进国民经济又好又快发展。
2010年9月17日，根据国家发改委《固定资产投资项目节能评估和审查暂行办法》，经区加强固定资产投资项目节能管理，促进科学合理利用能源，从源头上杜绝能源浪费，提高能源利用效率。