1998年起，在做好年度日常税务检查工作的同时，经区地税部门先后组织实施保险业、文化体育业、娱乐业、服务业专项检查，事业单位及社会团体税收专项检查，个人所得税专项检查，房地产、建安业税收检查，企业所得税汇算清缴检查，土地增值税专项检查，地税发票专项检查，土地转让税收专项清查等专项检查，规范整顿区内地方税收征管秩序。2002年起，建立并实施查前公告、查前辅导、稽查约谈、案件复查等税收稽查工作制度，规范了税收检查执法行为。2009年，与区内政法、公安部门联合开展土地转让税收清缴工作，全面清查过去5年内土地转让偷税逃税行为，当年查补税款470.3万元。1998～2010年，地税稽查部门先后检查企业720户次，查补税款7692万元；查处税收违法案件104起，查补税款923.8万元，罚款449万元 ；查处取缔“假合资”涉外企业3户。