1994年，国税局经区征收分局对184户一般纳税人采取调账与进驻企业检查相结合的方法，查出问题户71家，查补税款116.8万元。1996年，重点对不申报业户和申报无税款业户进行检查，查补税款44万元。1997年，开展烟酒消费税、福利企业、进出口货物税收、涉外税收4项专项检查，检查企业301户，查补税款272万元，罚款44万元。2001年，开展出口退税、专用发票、流转税的专项检查，累计查补税款165万元。2003年，先后开展出口退税、增值税专用发票等专项检查，查补收入126万元。2004年，开展对小规模企业专项检查，查补税款42万元。2005年，重点开展增值税专用发票、普通发票、“四小票”、商贸企业、汽车行业、医药生产与购销行业以及享受税收优惠政策企业等专项检查，查补税款、罚款及滞纳金265万元。2006年，以一般纳税人低税负、所得税低税负、“四小票”、滞留票等内容为重点，全面开展税负调查分析工作，调查纳税人3679户次，发现875户有问题，查补税款7172万元。2007年，开展房地产和建筑安装企业以及所得税和普通发票专项检查，累计查补入库税款1350万元。2008年，开展普通发票、造船外包企业、沙石行业、建筑安装企业、房地产企业、内外资企业所得税汇缴等专项检查，查补入库税款1706万元。2009年，开展打击普通发票违法犯罪专项行动，对房地产、建筑安装、出口退税、筑港企业等进行重点检查，查补入库税款1816万元。2010年，应用电子查账软件，深入开展打击虚假发票违法犯罪活动，查处提供假发票涉案人员15人，查补入库税款2952万元。1994～2010年，经区国税部门通过开展日常检查和专项检查，累计查补税款17276万元。
经区国税局会同公安、地税、财政等部门，对重大案件及专项检查进行联合执法。与经区公安分局、地税分局联合开展运输发票、房地产行业、建筑安装企业、个体集贸市场等联合执法行动。联合检查纳税户280户，查处有问题户65户，移送公安机关涉税案件2起，查补税款及加收罚款和滞纳金共356万元。