管理机构
1992年10月，设立经区财政税务局税务分局和涉外税务分局，隶属经区财政税务局，副县级，一个机构两块牌子。1994年9月，国家实行分税制，国税、地税分设，设立威海市国税局经区征收分局，正县级，内设涉外征收科、综合科、征收一科、征收二科4个科室。2001年4月，国家税务局系统机构改革，威海市国税局经区征收分局更名为山东省威海经济技术开发区国家税务局（简称经区国税局），内设办公室、人事教育监察科、综合业务科、税收管理一、二、三科6个科室和信息中心1个事业单位。2010年11月，国税系统进行机构改革，经区国税局内设办公室、人事教育科、监察室、税政科、征收管理科、纳税服务科、大企业税收管理科、税源管理一、二、三、四科11个科室，稽查局1个直属机构和信息中心1个事业单位。
税收征管模式
1994年，按照国家税务总局“以纳税申报和优化服务为基础，以计算机网络为依托，集中征收、重点稽查”的征管模式，在纳税人中推行自行申报纳税制度。1996年8月，建立办税服务厅，设立两个征收窗口，同时和城市信用社联系设置银行窗口，实行税银一体化服务。1997年，国税局经区征收分局在办税服务厅按ABC三类设立“申报征收”窗口、“税务登记”窗口和“发票发售”窗口，取消专管员管户制度，将税收征管业务划分为征收监控、管理服务、税务稽查3个系列，建立起以自行纳税申报为基础，征收、管理、稽查三位一体的征管模式。2001年，推
行国家税务总局开发的中国税收征管信息系统（CTAIS），建立“以信息化为支撑，以征、管、评、查专业化分工体制为保障，集中征收、分类管理、全面评估、重点稽查”的征管新机制。2002年，金税工程交叉稽核系统和协查系统正式运行，通过“一级采集、三级稽核”的运行模式，实现对增值税专用发票的有效控管。2005年，推行税收管理员制度，改变过去专管员“一人进厂，各税统管，征管查集于一身”的做法，实现管户与管事相结合、管理与服务相结合、属地管理与分类管理相结合。2010年，建立健全社会化信息管税应用机制，经区国税局依托威海市国税局开发的《社会化信息管税系统》，切实加强部门协作，初步形成统计、规划、土地、各乡镇、街道等上至管委下至行政村的25个单位完善的综合治税网络。
税务登记
1994年国税局经区征收分局成立时，登记企业1357户，其中全民企业249户，集体企业261户，私营企业52户，个体业户755户，股份制企业33户，联营企业7户。1999年8～11月，对纳税人开展税务登记证换发工作，对1314户纳税人进行换证，清理漏管户125户，补税1.2万元。2001年，威海市国税系统进行机构改革，设立经区国税局，共有纳税人1055户，其中国有企业20户，集体企业51户，股份合作企业、联营企业、有限责任公司以及私营企业336户，外商投资企业和外国企业134户，个体工商户487 户。2003年5月，崮山、泊于两镇划归经区，接收两镇纳税人290户。2006年，开展税务登记证换证工作，2716户纳税人换发税务登记证。2007年，应用“山东省国家税务局外部信息应用管理系统”，实现国税与工商行政管理、地税登记信息比对的计算机处理，推行“国地税联合办证系统”，对国地税共管户实行一家登记、两家认可。2008年末，共有纳税人2768户，其中国有企业29户，集体企业50户，股份合作企业、联营企业、有限责任公司以及私营企业1436户，外商投资企业和外国企业415户，个体工商户760户。2010年，全面推行工商部门代发税务登记证件业务。至年末通过工商部门代发税务登记证858户，新增登记户数比同期增长81.8%，增加税收3286万元。
税源管理
1992年，在对辖管税源进行划片管理的基础上，按照规模和性质，对经区内外资企业和个体工商户实行分类管理。2007年以后，将年纳税额50万元以上的101户重点税源划归税源管理四科集中管理，其他税源由各税源管理科按照区域实行划片管理；加强发票管理，对一般纳税人推行“一机多票”系统，实现了对普通发票的防伪和税控管理。制定分行业、分企业类型的税负指标及预警标准，围绕增值税一般纳税人税负率、零低申报率，所得税贡献率、亏损面等，加强税收分析和纳税评估。