经区抗旱防汛指挥部是区内常设机构，负责全区抗旱防汛调度协调工作。指挥部办公室设在区农业经济发展局，指挥由管委分管主任担任，副指挥由分管城市建设的副主任担任，成员由管委办公室、宣传部、建设局、经济发展局、科技与工业发展局、财政局、社会事业局、出口加工区管理局、市政局、农业经济发展局、公安分局、供电部及各镇、街道等部门主要负责人组成。各镇、街道抗旱防汛指挥部由镇、街道各部门主要负责人组成，镇长（主任）担任总指挥，分管镇长（主任）负责日常工作，镇水利站负责技术指导工作。村设抗旱防汛领导小组，村党组织书记或村委会主任担任组长。区、镇、村三级抗旱防汛组织实行统一领导，统一指挥，统一调度，分级负责。各级均制订完善抗旱防汛应急预案，按要求储备必要的防汛物资和机具，成立抗旱防汛常备队及预备队，确保一旦发生险情，人员、物资及时到位，投入抢险。
经区防汛工作实行首长负责制，各级党政一把手负责辖区内的防汛工作。水利工程技术人员、镇（街道）干部，层层实行防汛工作岗位责任制，并逐级签订防汛责任状。
每年汛期前，抗旱防汛指挥部办公室印发防汛通知，制订防汛工作方案，落实防汛责任制、防汛物料和防汛队伍情况，检查辖区内主要河道、小Ⅱ型水库及主要塘坝的安全运行情况，排查安全隐患，确保安全度汛。