海域使用制度
海域使用许可证制度和海域使用有偿制度是海洋管理的核心内容。前者主要是科学规划海域的使用，协调各产业部门的关系，避免一种用海行为对另一种行为的冲突和破坏；后者主要是体现国家对海域的所有权，并且使国家所有权在经济上得以体现。1998年10月，省政府颁布实施《山东省海域使用管理规定》，威海市开始正式推行海域使用两项制度。2002年1月1日《中华人民共和国海域使用管理法》、2004年1月1日《山东省海域使用管理条例》相继颁布实施，使海域使用两项制度的法律体系更加完善。2009年12月，管委印发《关于加强海域使用管理的意见》，强调要进一步强化海域使用管理，坚持依法管海，依法用海，规范用海，优化用海秩序。2010年，全区颁发海域使用权证书17本，确权面积达1336公顷，在海域管理方面实现历史性突破。至此，累计核发水域滩涂养殖使用权证20本。
在海域有偿使用方面，根据市财政局《关于印发〈威海市海域使用金征收管理暂行办法〉的通知》，自2000年11月6日该办法发布之日起，开始征收海域使用金。2005年5月8日，市财政局对海域使用金征收使用管理作了进一步修改。至2010年末，经区累计征收海域使用金6000余万元。
海洋执法
2004年，依法查处崮山镇皂埠村村民违法围海案、杨家湾海上网箱养鱼死亡案。2005年，依法查处杨家湾海域非法网箱养鱼案。2004年4月至2006年9月，根据市政府《关于对威海湾部分海域进行清理整治的通告》，经区管委依法取消威海湾水域养殖许可，清理海上养殖范围包括经区望岛河口至日岛连线以南、日岛至华能威海电厂连线以西，养殖生产用海面积约1710.4公顷，其中筏式养殖1085.8公顷、网箱养殖8476个。涉及主要养殖生产单位8个，分别是山东承天海洋水产集团公司，崮山养殖二场，皇冠街道长峰、沟北、城子、杨家滩村，温泉宏泰水产集团公司，羊亭光华养殖场，涉及从业人数3619人。