建区后，区内主要开展动物疫病的常规免疫工作，同时在疫情高发期，采取紧急免疫接种措施，控制动物疫情的发生。至2000年，全区动物疫病防治工作主要由蒿泊畜牧兽医工作站负责。2000年10月，设立经区畜牧兽医工作站（2001年5月更名为畜牧检疫防疫站），承担全区防疫检疫工作，同时撤销蒿泊畜牧兽医工作站。2003年崮山、泊于两镇成建制划归经区后，经区畜牧检疫防疫站同时承担崮山、泊于两镇动物防检疫的技术指导、监督等职能。在疫病防治过程中，畜牧检疫防疫站联合各镇、街道兽医站以及村级防疫员，对疫情的发生、发展、控制措施等深入研讨，不断提高各级技术人员的诊疗水平。同时不断加大宣传教育力度，发动群众进行全面参与，采取严格的消毒措施，使疫情在早期就得到控制、扑灭，最大限度地减少损失。
防治
猪病 在猪病防治方面，1992～1998年，区内主要采用猪瘟、猪丹毒、猪肺疫三联苗免疫注射，防疫密度达90%以上。1999年起，对猪口蹄疫疫病进行免疫注射。2006年开始，对猪高致病性蓝耳病进行免疫注射，免疫密度一直保持100%，同时注重加强消毒、隔离、检疫等工作，使全区生猪发病率控制在0.4%以下。
鸡病 区内鸡病防治始终贯彻“预防为主、治疗为辅、淘汰兼施”的方针。1992年起，进行鸡新城疫疫苗的接种。2003年起，进行禽流感的免疫接种工作，防治密度达100%。2003年起，每年举办一期畜禽防疫知识讲座，为全区鸡病防治奠定了坚实基础。
检疫
2003年，全区检疫人员10人。检疫人员经省、市畜牧部门培训考试合格后，颁发检疫员证书，主要实施动物的产地检疫、屠宰检疫及市场监督。实施检疫的动物对象有：家畜、家禽、人工饲养和合法捕获的野生动物，实施检疫的动物产品对象有：动物的生皮、原毛、精液、胚胎、蛋、乳及未加工的肉、脂、脏器、血液、绒、骨、角、头、蹄、尾等。2008年，全区检疫动物12.8万头（只），检疫动物产品1480吨，动物检疫开展面达100%。2009年，检疫动物15万头（只），检疫动物产品1730吨，动物检疫开展面达100%。2010年，检疫动物16.8万头（只），检疫动物产品1890吨，动物检疫开展面达100%。