2009年以前，全区农产品质量安全工作由农业经济发展局农业科负责。2009年6月，经区管委批准设立农产品质量安全区域化管理办公室（简称农安办），主要负责农业投入品监管、农产品质量抽检和标准化基地建设工作。崮山、泊于两镇设立相应的农产品质量安全工作机构，开展农产品质量安全管理工作。
农业投入品监管
农业投入品主要指农药、种子、化肥、兽药和饲料等，是提高农产品质量安全水平的源头，通过强化流通、销售环节监管，加强检查整治和提供指导服务。2010年，全区62个农资经营店建立完善“两账两票一卡一书”（进销货台账、进销货发票、农资商品质量信用卡、农资商品质量保证书）制度，区内农资经营市场秩序得到规范。
农产品质量抽检
2009年以前，全区主要开展重大动物疫病血清检测。2009年以后，农产品质量安全检测呈现常态化，主要由威海市农副产品检测中心负责农产品样品的定量检测、区农安办和镇农安办开展定性检测。2010年，农安办检测样品260余份，检测合格率100%。区内各标准化生产基地和13家出口食品加工企业自建17处质量检测站（室）开展工作。
标准化生产和产品认证
2008～2009年，根据全区农产品生产、加工和出口的实际情况，围绕特色农业和优势产业，经区制定12种无公害生产技术规程、2种绿色食品生产技术规程，对无花果、花生、红提葡萄、蛋鸡、生猪、刺参、鲆鲽鱼7个种类开展标准化生产。2009年，建成标准化生产基地7个，其中泊于镇通过无花果国家标准化种植示范区达标验收，凤林物业服务有限公司蛋鸡场被省检疫检验局确定为出口加工企业合同备案基地。2010年，全区标准化生产基地增加至25个，面积1960公顷。产品认证工作扎实推进，2010年累计认证无公害农产品14家、绿色食品7家，认证产品40个 ；累计认定无公害农产品产地面积427公顷，绿色农产品产地面积1533公顷，实现全区大宗农产品全部达到无公害标准，10个出口食品企业进行国际认证产品达27个，“威海无花果”获国家工商总局地理标志证明商标。