2002年6月，在农业经济发展处设立农村经济管理站，负责指导全区农业审计工作。2007年10月，更名为农村经济管理办公室。
农村财务账前审计
2006年，依据《中华人民共和国审计法》和《山东省农村集体经济审计条例》，经区统一制定入账前由村民主理财小组审议，到镇、街道财政经管服务中心审计入账的一整套账前审计程序。全区94个村都成立5～7人的民主理财小组，并于每月末对农村集体经济组织收支事项进行民主审议，不符合法规的凭证退还给经办人，责任自
负 ；对合规合法的凭证，加盖民主理财专章，送镇、街道财政经管服务中心进行审计，审计无误后加盖镇、街道审计专章，由农村会计服务中心人员登记入账。通过农村财务账前审计，有效遏制了农村集体经济活动中的违规乱支现象，保证了农村集体经济活动健康运转。
任期内经济责任审计
通过对农村集体经济组织生产经营活动、经营状况、资产运营、资源利用状况等进行审计评价，提出合理化建议，帮助农村集体经济组织完善制度，堵塞漏洞，当好参谋，为农村干部在任期内正确履行职责、圆满完成任期目标任务奠定了良好基础。2002～2010年，共审计单位324个，其中离任审计30个，审计资金总额27.8亿元，查处违纪金额48万元，收回借支挪用资金33万元，提出整改措施80余条。同时，监督和制止农村乱收费、乱摊派等违规现象，保护农村及农民合法权益不受侵犯。
专项审计
根据热点、焦点问题，配合纪检、信访等部门，对个别因财务不清、干部吃喝浪费、农民负担加重等原因造成群众上访的农村（社区）专项审计重点问题。1992～2010年，共查明问题6起，违纪金额48万元，干部侵占、挪用23万元，促进增收节支、增加积累60万元，并将审计结果张榜公布，给予有关责任人党纪、政纪处分。
2004年7月和2007年7月，根据市、区关于做好农村“两委”换届工作文件精神及区换届选举领导小组的意见，农业经济发展局在全区开展农村财务专项审计工作。分别历时2个月，使账证、账实、账款、账账、账表、账榜6相符，摸清家底，分清责任，公正评价审计结果，纠正错弊，使离任者走得清楚，接任者接得明白。同时健全各项规章制度，规范农村财务管理行为，为农村“两委”换届选举工作打下坚实基础。