1998年12月，设立农业经济发展处，副县级事业单位，隶属管委会。内设办公室、水利林业科、海洋水产科、农业（机）畜牧科。下设渔政渔港监督管理站，为科级事业单位。1999年3月，农业经济发展处增挂农业处、林业处、水利处、农机处、海洋与水产处、畜牧处牌子。7月，国营威海苗圃由原隶属蒿泊街道办事处变更为隶属农业经济发展处，经费来源由自收自支变更为财政差额预算管理。2000年6月，设立渔船检验站，与渔政渔港监督管理站合署，隶属农业经济发展处；10月，设立畜牧兽医工作站，为科级事业单位，隶属农业经济发展处。2001年5月，事业单位机构改革，畜牧兽医站更名为畜牧检疫防疫站，经费自理；国营威海苗圃为差额拨款事业单位。2002年1月，渔船检验站更名为山东渔业船舶检验局经区检验站，仍与渔政渔港监督管理站合署；6月，农业经济发展处办公室增挂农村经济管理站牌子。
2004年9月，农业经济发展处更名为农业经济发展局，内设办公室、林业科（森林公安科）、农业水利科（植物检疫站）、农机畜牧科（农机安全监理站）、海洋与渔业管理科、经济管理科（农村经济管理站）。2005年6月，设立海域管理工作站，为正科级事业单位，隶属农业经济发展局。2006年11月，设立农村工作领导小组办公室（挂新农村建设领导小组办公室牌子），为正科级事业单位，隶属农业经济发展局。2007年10月，农业经济发展局内设综合科、农业科（植物检疫站、无花果研究所）、林业科（森林公安科）、水利科、海洋与渔业科、畜牧管理科（畜牧检疫防疫站）6个科，农村工作办公室（新农村建设办公室）、农村经济管理办公室、渔政渔港监督管理站（海域管理工作站）、农机管理办公室（农机安全监理站）4个全额拨款事业单位和国营威海苗圃差额拨款事业单位。2009年6月，设立农产品质量安全区域化管理办公室，正科级事业单位，隶属农业经济发展局。2010年5月，设立农业综合执法大队，正科级事业单位，与农产品质量安全区域化管理办公室合署。