经区成立时，区内食品加工业主要以冷冻海产品加工为主。1995年起，先后引进该行业规模以上企业18家，其中医药制造企业4家。至2010年末，经区形成以迪沙药业集团有限公司、威海华新药业集团有限公司、华夏药业集团有限公司为代表的生物医药企业；以威海威东日综合食品有限公司、威海东源食品有限公司等为代表的农水产品深加工企业；以威海紫光生物科技开发有限公司等为代表的特色保健食品加工企业。全区拥有规模以上食品医药加工企业28家，从业人员约8700人，具备年生产冷冻食品及水产品10万吨、无花果系列产品1万吨、保健品2万吨、西药150亿片等系列产品生产能力。2010年，完成工业产值31.6亿元，占规模以上工业总产值的8.1%。