建区后，经区工委、管委认真执行环保法律法规，坚持做到招商引资与环境保护工作齐头并进，先后制定涉及城区环境管理、农村环境整治、城乡公共绿化、环境设施建设等一系列规定，将环境建设逐步纳入制度化、规范化轨道。2003年起，经区环保部门每年与建设部门联合印发《关于加强中高考期间建筑施工噪声管理的通知》，印发《关于危险废物管理的通知》等环境管理文件。
依法行政规范化建设
经区环保部门设立后，依法加强环境监管监控，在行政执法工作中推行行政执法责任制，规范执法程序。2004年7月《中华人民共和国行政许可法》颁布实施后，严格建设项目审批和“三同时”管理，推行政务公开，公开审批内容、流程、服务承诺等内容，接受群众监督。2005年起，抽调专门工作人员进驻经区投资服务中心(后更名为行政服务中心)办公，环境影响报告表审批时间由7个工作日压缩至3个工作日，环境影响登记表由3个工作日压缩至1个工作日，提高了行政审批效能。
环境目标责任制
2003～2010年，经区管委与市政府先后签订《威海生态市建设市长目标责任书（2003～2007）》《威海生态市建设市长目标责任书（2008）》《威海经济技术开发区2009年生态市建设目标责任书》《威海经济技术开发区2010年生态市建设目标责任书》，并将各责任书任务根据部门职能进行分解，强化各相关部门对环境保护工作的共同责任，环保工作呈现良好管理格局。
环境监察
2002年起，威海市环境保护局经区分局每年开展一次整治违法排污企业、保障群众健康专项行动，并建立以日常监督执法为基础、以公众和舆论监督为支持的现场监督执法工作体系。2002年，全区工业企业污染治理设施有4台（套）。至2010年末，全区工业企业污染治理设施总数为21台（套），设施运转达标率、建设项目“三同时”执行率均为100%，环境监察人员现场检查16018次。
人大建议和政协提案办理
2002～2010年，威海市环境保护局经区分局共收到人大议案、政协提案8件。接到人大代表、政协委员提出的《关于改善、解决长峰周边生活小区环保治理的建议》《关于蓝星玻璃集团废气污染问题》《搬迁近海岸一切对环境不利的污染源的建议》等议案、提案后，经区环保部门及时进行妥善处理，并在规定的时间内予以答复，办理率、答复率均为100%。
环境信访案件查处
2006年以前，环境信访案件较少。2007年以后，信访案件增加，其中建筑施工噪声信访案件占包括工业企业噪声、废气、废水等在内的环境问题信访案件半数以上。2007年，对经区新都花园生活小区群众反映强烈的威海东威电子废气污染问题依法进行处罚，督促该企业投资200万元新上废气处理设施，当年建成投入运行；对向九龙河上游直接外排污水的威海中海悦水产有限公司依法责令投资新上污水处理设施，当年建成投入运行 ；针对威海美源制呢有限公司污染问题，经区环保分局多次督办，促使该企业投资60万元新上污水治理设施。2008年，依法责令长峰建军铸造厂搬迁，彻底解决该企业多年废气扰民问题。2009年，威海冠山渔具有限公司外排废气污染周围环境，依法将其玻璃纤维布生产车间关停。2002～2010年，通过“12369”环保举报投诉热线等途径共接访环境信访案件1465件，处结率100%。