1645年（清顺治二年），清政府在威海卫设守备署，原威海卫指挥使司的掌印
指挥陈万言被“拣选”为署理守备，其职守仍如明代。1659年（顺治十六年），卫
守备管理庶政，兼理屯务，与州县平行。守备以下，仅设经历司（经历一人）掌理
文牍和军民词讼，儒学教授（一人）掌理学校与教化。
随着卫守备署的建立，原左、前、后三所各改设千总一员，称所千总，管理所
内事务，隶于卫守备；明代设的百户、总旗、小旗等官员均裁废。1655年（顺治十
二年），左、前二所归并入卫；1702年（清康熙四十一年），后所也归并入卫，威
海卫仅存卫守备署一级机构。
1735年（清雍正十三年），威海卫并入文登县，卫守备署撤销。文登县将其温
泉镇巡检司移驻威海卫城，改为威海卫巡检司。1898年（清光绪二十四年），英国
强租威海卫，卫城以外均成租借地，巡检司仍设于卫城内，管理城内治安，直至辛
亥革命胜利。