1985年，山东省人民检察院泰安分院改称泰安市人民检察院。1988年5月，市检察院内部机构由科改为处（科级）。7月，全市检察机关建立经济、法纪罪案举报中心（站），负责对经济犯罪、法纪犯罪案件举报的受理。1990年8月，市检察院设立驻泰安市税务局检察室，县（市、区）检察机关在重点乡镇和税务、工商等系统设立检察室18个。9月，市检察院撤销经济检察处，改设反贪污贿赂工作局。1992年9月，市检察院增设民事行政检察处，负责对民事、行政诉讼实行法律监督工作。1993年，按照最高人民检察院“严格执法、狠抓办案”的方针，市检察院派出6名业务骨干到所辖6个县（市、区）检察院挂职副检察长，加强第一线办案指挥力量。1994年4月，山东省检察官培训中心泰安分部成立。1996年3月，市检察院反贪污贿赂工作局更名为市人民检察院反贪污贿赂局。
1998年，全市撤销保险理赔鉴定中心，并撤销税检室及在行政机关、企事业单位设置的检察室等24个派驻机构。市检察院成立检察委员会办公室，法纪检察处更名为渎职犯罪侦查局。1999年4月，市检察院印发《泰安市检察机关主诉检察官办案责任制暂行办法》，全市起诉部门25名主诉检察官在全省率先持证上岗。全市首批检察官等级评定经考核审查和省检察院审定，共评定高三级、高四级、一级、二级、三级、四级、五级检察官606名。2000年5月，全市在批捕、反贪、渎侦、控申和民事行政检察等业务部门推行主办、主诉检察官办案责任制，有95名主办、主诉检察官持证上岗。2001年，全市刑检部门在部分基层院试行起诉引导侦查和批捕引导侦查取证制度。2002年2月，市检察院审查批捕处、审查起诉处、渎职犯罪侦查局、政治处分别改为侦查监督处、公诉处、渎职侵权检察处、政治部；反贪污贿赂局下设职务犯罪大要案指挥中心、侦查处、综合指导处；增设警务处、职务犯罪预防处和驻市经济开发区检察室，撤销教育训练处。全市检察机关全面推行批捕起诉引导侦查取证制度，提请批捕刑事案件退查率比上年下降1.4个百分点；自侦案件公诉率比上年提高2.3个百分点，案件退查率比上年下降16个百分点。