1985年起，全市各级团组织开展“组织建设年”“团支部升级达标”“党团双保”“团员教育评议”等活动，至1990年，全市有团员32.8万人，基层团委621个，基层团总支1452个，团支部1.07万个，专职团干部961人，全市一类团支部达到40%，二类团支部达到52%。市、县（市、区）、乡（镇、办事处）举办各类培训班726期，培训团干部30余万人次。1995年，团市委组织开展团的“组织建设年”活动，按照“五个一”（一个好班子、一支好队伍、一套好制度、一块好阵地、一个好的服务体系）的目标，对基层团组织进行集中整顿。全市1133个三类农村团支部班子升为二类班子，838个二类班子上升到一类班子，一、二、三类班子比例由整顿前的29：54：17，提高到45：48：7；新建团支部班子2480个，调整团支部书记874人，发展团员6.28万人。1999年，全市有团员31.5万人，团委664个，团总支1040个，团支部1.05万个，团员占青年比例为21.2%。
2000年，团市委与市委组织部联合印发《关于进一步加强共青团组织建设和团干部队伍建设的意见》，并以开展“基层组织建设年”活动为总抓手，在肥城市召开全市加强团的组织建设现场会，全面推行乡（镇、办事处）团委书记竞争上岗，90%的乡（镇、办事处）团委书记实行竞争上岗。农村团支部书记“三位一体”（村团支部书记、科技副主任、青年星火带头人）配置率85%，60%以上按有关程序选进“村两委”（村党支部、村民委员会）；新型经济组织建团率70%。全市有团员31.6万人，团员占青年比例为26.8%；团委674个，团总支1086个，团支部1.06万个，专职团干部660人。2001年，实施“231113”工程（确定20个乡镇，300个村，100家企业，100所学校，10个社区，30个机关和社团组织，共计560个不同领域的基层团组织，作为基层团组织整建活动的示范点，进行集中整建）。通过整建，农村团支部书记进“村两委”的比例达85%；80%的乡镇团委书记按要求列席乡镇党委会；95%的企业团委书记落实中层正职待遇。全市有团委580个，团总支962个，团支部1.02万个，团员29.8万人，团员占青年比例为29.56%，专职团干部551人。2002年，启动市级“五四红旗团委”“五四红旗团支部”“团建先进乡镇”创建活动，实施基层组织建设“三级联创”，开展“创建基层组织建设先进县（市、区）”“五四红旗团委”“五四红旗团支部”活动。全市有团委489个，团总支953个，团支部9912个，团员30.31万人，团员占青年比例为28.97%，专职团干部638人。