1985年后，市民族事务委员会围绕贯彻落实宗教信仰自由政策，依法管理宗教事务，引导宗教与社会主义社会相适应，保持全市宗教领域长治久安。1986年，宗教界人士冤假错案彻底平反，9起被查抄财物按政策规定给予补偿，被迁出城镇的7名宗教教职人员及其受株连子女、亲属，依据政策妥善安置。全市开放宗教活动场所81处，其中，天主教13处、基督教24处、道教2处、佛教2处、伊斯兰教40处；宗教职业者126人。省、市拨款52万元，对泰城清真寺、泰山碧霞祠、泰山区青年路基督教堂、东平县州城清真寺等宗教活动场所修缮。1990年，全市开放宗教活动场所86处。1993年，对全市基督教私设聚会点清理整治，解散私设聚会点21处。全市15名伊斯兰教界代表参加省伊斯兰教代表大会，6名天主教界代表参加省天主教代表大会，7名基督教界代表参加省基督教代表大会；市道教协会、泰山碧霞祠道观派员参加中国道协和香港、台湾道教界联合举办的“为世界和平”祈祷法会及道教盛大“罗天大醮”活动，为“希望工程”捐款2万元，向市聋哑学校捐款5000元。1995年12月，召开全市宗教界爱国爱教先进集体、先进个人表彰大会，对在全市爱国爱教活动中涌献出的10个先进集体、20名先进个人进行表彰。贯彻国务院《宗教活动场所管理条例》，依法对符合条件的117处宗教活动场所进行登记。其中，天主教18处、基督教40处、道教2处、伊斯兰教57处。1996年，取缔邪教聚会点21处，非法传道人员17人，收审3人，传唤14人，收缴邪教材料110多份；查禁取缔佛教非法组织“弘法社”，收缴非法出版书籍近10万册。7月，市民族事务委员会撤销，成立市民族宗教事务局。1997年，市委、市政府印发《关于进一步做好农村宗教工作的通知》，依法处理全市乱建佛、道教寺庙、露天佛像23处。2000年，贯彻《山东省宗教事务管理条例》，依法登记宗教活动场所137处。至2002年，全市依法登记宗教活动场所160处，其中天主教22处、基督教75处、道教2处、伊斯兰教61处。宗教教职人员236人，信教群众10万人。