1985年，开展评选先进党支部和模范共产党员活动，评出先进党支部7个、模范共产党员24名。1987年，机关党委组成4个组，对所属106个单位的党总支、支部进行走访，督促帮助改选支部47个，审批新建党总支2个、支部10个。1989年，组织开展民主评议党员和处置不合格党员工作。机关3891名党员和1272名群众代表参加评议，被评议党员4236名，占党员总数的98.8%。98.97%的党员被评为合格或优秀档次，1.03%被评为基本合格档次。1990年，市直机关实行党员考核证制度，制定《考核证条例》，印发考核证5000余份。市委转发《关于严格机关党的组织生活的意见》，加强对机关党内生活的监督和管理，明确机关专、兼职党务干部的配备、管理原则；开展对机关党建工作的检查评比，制订检查内容5项50条，采取百分检查方法，使机关党务工作增加可比性和可操作性。新组建机关党总支6个，党支部4个，换届改选31个。
1991年3月，机关工委制订《关于在市直机关党组织中实行党务工作目标管理和开展达标升级活动的意见》，把党务工作目标具体化，用定时、定量的形式确定下来。1992年，调整充实机关基层党组织27个，选配专职机关党务干部12名；有95%的党员参加民主评议，结合评议，表彰先进基层党组织46个，优秀党员和优秀党务工作者238名。1994年，30个基层党组织进行换届选举，新设11个机关党组织，集中培训120名机关支部书记。1995年，新建机关党委、总支7个，换届调整机关党组织21个，新选配专职副书记4名。
1996年，机关工委与市委组织部联合印发《关于市直机关党组织机构设置和党务干部配备的规定》，新建机关党组织12个，换届改选14个。1998年，贯彻《中国共产党党和国家机关基层组织工作条例》，督促指导58个机关党组织换届选举，新建改建机关党组织7个，选配专职书记和副书记12名，调整机关党务干部219名，评选表彰先进基层党组织36个、优秀共产党员和优秀党务工作者262名。1999年，换届调整机关党组织42个，其中新建党组织6个，调整配备专、兼职党务干部183人，理顺了5个机关党组织的隶属关系。
2000年，新建改建机关党组织8个，换届选举16个，调整和补充专、兼职党务干部97名，理顺中介组织党组织关系4个。2001年，针对机关机构改革的实际情况，合并新建机关党组织16个，换届选举35个，调整补选专、兼职党务干部176名，重点抓了部门党员领导干部兼任书记和机关党委、总支配备专职副书记的工作；评出先进党组织35个，优秀党员、党务工作者264名。2002年，组织32个机关党组织进行换届选举，指导机构变更的21个单位新建和改进机关党组织，对222名专、兼职党务干部进行充实调整。