1994年，严格执行加工贸易合同备案的基本制度，对新登记备案的加工贸易合同实行审批前验厂的占50%，按不同比例征收保证金的占30%；对建关初济南海关移交的56份到期合同，核销结案25份；对其他合同采取征收全额保证金展期、暂停新备案合同、封存保税货物等措施。全年办理加工贸易合同58份，保税金额994.41万美元。1995年，针对辖区内企业加工贸易起步晚、规模小的实际，引导企业发展“三来一补”（来料加工、来件装配、来样加工和补偿贸易）业务。对信誉好的加工贸易企业，实行按生产计划集中备案、核销手续。至年底，保税仓库由2家增加到8家；备案合同数由上年的58个增加到178个，增加2.07倍；备案合同值由上年的994万美元增加到4984万美元，增加5.01倍。加强加工贸易合同管理，坚持合同备案的前期验厂、中期核查、后期核查制度，对到期和即将到期合同签发催核通知单，及时核销。共核销加工贸易合同108份，占应核总数的98%。
1996年，加强加工贸易核销工作。对济南海关移交的29份合同中的28份予以核销结案，补征税款60万元；对加工贸易合同执行情况进行稽查；对到期合同进行清理，同时对补税合同加强审价。全年审批备案合同212个，合同备案值9358万美元。1997年，对16种列明的重点敏感商品实行特殊监控，防止发生倒卖进口料件。办理棉花、羊毛、聚乙烯等重点敏感商品合同备案63份，总值4982万美元。1998年，重点加强对加工贸易的监管核销工作，注重对加工贸易进口货物的审价，加强中期核查和对保税仓库的管理，从严掌握重点敏感商品和出口难度大的加工贸易合同展期，对重点企业、重点商品的下厂核销率达100%。全年备案合同284份，备案总值9700万美元。
2000年，取消加工贸易备案中介服务，实施企业法人“核销保证书”制度，要求加工贸易备案企业提交法人签字的书面保证书，把守法责任落实到人。严格保税仓库管理，撤销2家备料型、1家公共型保税仓库，对3家存在问题的保税仓库进行通报并限期整改。2001年，备案合同274份，备案总值7473.4万美元。2002年，选定1家企业作为适用“大手册”管理企业。对部分重点敏感商品单耗进行重新核定；采取年审、备案结合预催核制度，加大对超期未报核手册清理力度，集中清理超期未报核手册21份，处理遗留合同17份。全年办理加工贸易手册备案350份，备案值1.1亿美元，实现开关八年新突破。