1988年5月，市审计事务所建立，社会审计工作开始。1992年12月，更名为市审计师事务所。1993年，市审计局制订《关于大力发展社会审计事业的实行意见》，建立事务所7个，从业人员100名。完成委托审计4182项，核减虚假注册资金1277万元，为委托单位追回损失85万元。1994年，市第二审计师事务所建立。按照市政府办公室《实行社会审计组织承办全民所有制企业审计查证制度》规定，审计师事务所开展企事业单位资产负债损益查证审计，查证单位3096个，追回损失金额1929万元；开展重点基建技改项目验资、工程预决算审计，核减工程造价资金3845万元；资产评估35项，增值1670万元。1995年，全市有审计师事务所8个，从业人员187人，其中注册会计师80人。完成委托审计4079万元，核减虚假注册资金7182万元，为委托单位挽回损失3469万元。
1998年，全市开展企事业单位查证、年检验资、咨询、签证及重点项目审计。共完成委托审计4521项，查证总金额63.51亿元；核减基建预决算金额8308万元；核减虚假注册资金3354万元；资产评估增值523万元；为委托单位追回损失5642万元。1999年底，按照中央、国务院《关于党政机关应与经办经济实体脱钩的要求》和财政部、审计署《关于事务所脱钩改制的规定》，市、县两级审计机关与审计师事务所脱钩。审计师事务所成为自主经营、自负盈亏、自负民事及法律责任的独立法人单位，社会中介服务组织隶属于省注册会计师协会管理。自2000年起，审计机关按照有关规定，履行业务监管职能，只负责对其业务质量进行检查监管。