1985年，市、县（市、区）税务局相继设立地方税务科、稽征管理科、涉外税收稽征处、税务检察室等职能机构，加强税收征管工作。1988年，全市税务系统全面推行新泰市税务局“征、管、查”分离做法，实现税收征管规范化。市税务局对年纳税额百万元以上的企业试行驻厂征收，对年纳税额50万元以上的企业设立征管台账，全市重点税源基本实现月税月清。1994年后，全市工商税收分别由市国税局和市地税局负责征收管理。
一、国税征管
1994年，市国税局对纳税业户进行清理、换证工作，清理漏登、漏管户183个。全市89%的增值税企业核定为一般纳税人。按照新税制要求，开展国营企业所得税税源变化调查和汇算清缴工作，先后对酿酒、化工、电力、机械、纺织等重点行业4724户纳税户进行稽查，查补税款1521万元。1995年，全市国税系统取消专管员管户制度，实行管理服务、征收数控、税务稽查3个系列征管模式。1996年，市国税系统征管改革全部完成，农村征管机构由按行政区划设置的119个税务分局（所），改为按经济区划设置的33个农村分局和2个中心税务所，全系统共建立现代化多功能办税服务厅41个。1998年，改革税收管理制度，全市征管工作按“以纳税申报和优质服务为基础，以计算机网络为依托，集中征收，重点稽查”的新征管模式运转。2000年，市国税系统实现税收电话申报、银行网点申报和网上申报。2001年7月起，全国统一征管主体软件在全市国税系统正式上线运行。2002年，市国税系统推行《CTAIS辅助决策系统》《个体税收定税软件》，并启用《工商税务管理对比系统》，提高了全市税收征管质量。
二、地税征管
1994年，市地税局对税源分布进行分类调查后，核准全市共有在册地方税收纳税人1.2万户，全部建立税务登记册，并完善各种征管资料立档制度，建立健全发票管理、纳税申报、税款征收、税务检查等10多种明细台账，按户发放个人所得税代扣代缴证书7900个。
1995年，全市开始检查交通运输、邮电通讯、金融保险、文体、旅游等行业发票，累计查补税款680万元。推行乡村征管社会化，由县乡政府牵头，公、检、法、工商、财政、地税、交通等部门参加，成立县、乡、管区、村四级协税护税网络组织；全市有5个县（市、区）和直属分局设立征收大厅，实现对违法违纪企业自动加收滞纳税金。取消专管员管户制度，在基层普遍推行征收与稽查分离制度，实行划片管理和定期岗位轮换。1996年，个体户、涉外企业地方税的征收改由地税机关直接征管，并换发地税机关监制的发票。各县（市、区）均建立征收服务厅，有82个征收分局（所）实行柜台征收。1998年，全面推行省地税局《征管规程》。全市地税系统按征管规程建账的个体、私营业户占总户数的40%，户均月增税额50元以上；建筑业营业税、出租车营业税、车船税、个人所得税、屠宰税等实行代扣代缴制度。全市共有代征单位315个，全年代征税款7000余万元。同时推行企业所得税汇缴改革，企业汇缴面100%，调整企业账务1万余笔，查补地方各税3460万元；在全市宾馆业和服务业统一启用无碳压感专用发票，在餐饮业统一启用定额发票，在邮电、金融、保险、城市客运、出租车等行业实施专用收费票据监管。投资200余万元，建设泰安联通公司省、市、县三级网络，开通省、市局之间广域网。全市所有办税服务厅均实现微机征收。2000年，全市开展地方税源普查，共有纳税户4.37万户，比1999年增加1.19万户。对年纳税1000万元以上的泰建公司、山东电缆集团、鲁润集团、泰山索道公司、泰山复合材料厂等5个企业加强控管，全年纳税1.12亿元；换发税务登记证2.92万户；清理漏登漏管户3995户，补税及罚款35万元；清理企业所得税、建筑安装营业税和固定资产投资方向调节税等欠税1.99亿元。
2001年，市地税系统开始广泛应用网络报税、电话报税、网上稽查、会计电算化、网上税务局等现代化手段；基层分局开始推行委托银行代收代缴税款办法，月代征税款上万元。2002年，全市建立工商税务通报制度，定期进行工商、地税登记户数对照。改进征管方法，严格以票控税。强化重点税源控管，对煤炭、电力、金融等重点行业和年纳税额100万元以上的企业实施重点监控。市地税系统实现与省、市、县、乡计算机联网，办公实现无纸化、自动化、网络化。全市地税登记6.83万户，比2000年增加2.46万户。市地税局开发的“双委托”（纳税人委托农村信用社代缴税款、市地税局委托农村信用社代收税款）代收代缴系统、所得税管理软件在全省地税系统推广。