1985年，全市贯彻中共中央关于经济体制改革的决定，大力推进经济体制改革，完善国营企业经营承包责任制，企业开始拥有小范围的经营自主权。1986年，市委、市政府印发《国营小企业租赁经营的意见》《关于进行企业股份制试点的意见》《关于深化企业领导体制改革，全面推行厂长负责制的意见》《关于部分国营企业干部施行职务工资的意见》《关于鼓励发展企业集团的意见》等文件，全市工业系统推行以厂长负责制和厂长任期目标责任为中心环节的企业领导体制改革。有378家企业实行厂长负责制，占企业总数的34.02%。1987年，市政府与县（市、区）工业主管部门及市直8家工业公司（局）签订年度经营目标承包议定书。县（市、区）及市直各工业主管部门对各项承包指标层层分解，逐级承包。全市县属以上企业承包经营201家，预算内国营工业企业承包经营96家，小型企业承包租赁290家。1989年，针对全国范围内资金、能源、原材料紧张，企业经济效益下滑的情况，市委、市政府印发《关于完善全民所有制工业企业承包经营责任制合同意见》，进一步完善经营承包责任制、厂长负责制，并调整充实承包内容，推进横向经济联合、企业兼并和股份制试点。全市企业承包企业8家，兼并企业12家，试行股份制11家。
1990年，全市贯彻落实《中华人民共和国企业法》《全民所有制工业企业转换经营机制条例》等政策法规，企业实行经营机制改革和“三项制度”（人事、用工、分配）改革，全市有270家企业实行优化劳动组合、工人择优上岗。1993年，全市国有工业企业开始规范运作股份制试点，51家企业实行股份制改造，74家企业实施劳动用工制度改革，23家企业实施分配制度改革。1994年，全市企业集团发展到40家。1995年，市属33家企业推行资产经营责任制。山东电缆电器集团、山东泰山酿酒饮料集团总公司2家省级试点企业和泰山集团市级试点企业均形成多元化投资主体和规范的母子公司体制。1998年，全市国有工业企业成立独资公司3家、有限责任公司14家、股份有限公司10家、股份合作制29家、企业集团23家；采取兼并、联合、托管、租赁、合资、合作等形式的58家；山东电缆电器集团、山东泰山生力源集团股份有限公司、泰山集团由市政府授权经营；188家市、县（市、区）属工业企业实行各种形式改制的企业136家，占市、县（市、区）属工业企业总数的72.3%。
2000年，全市初步建立国有企业现代企业制度，三年改革脱困目标基本实现。2001年，全市有20家企业被列入市重点企业集团，8家大型企业集团被列入省重点企业集团。2002年，市政府制定《市属国有企业改革资产处置暂行办法》，全市重点企业法人治理结构得到规范和完善，股东大会、董事会、监事会和经理层的职责进一步明确和规范，在企业基本建立董事个人责任追溯制度，董事会与经理层交叉任职减少。泰山玻璃纤维股份公司等企业开始实行董事长和总经理分设，“三会”（股东大会、董事会、监事会）在企业中相互监督、相互制约的制衡机制初步形成。全市220家市、县（市、区）属工业企业实行各种形式企业改制的218家，占市、县（市、区）属工业企业总数的99%。