1985年12月，省政府决定将梁山县的银山镇等8个乡镇划归东平县管辖，东平湖由东平县统一管理。1986年，省委、省政府在东平县召开东平湖开发现场会，研究制定湖区改变面貌的优惠政策和措施11项。1990年，东平湖库区工农业总产值2.09亿元，比1985年增长131%；粮食总产1230万吨，比1985年增长52.7%；网围养鱼面积553.33公顷，建水产品养殖场29处，发展坑塘养鱼986.67公顷；改造涝洼地983.33公顷；改善饮水条件110个村、4.87万人；修建乡村公路19条、123公里；扶持工程项目1056个，有20.13万人脱贫。1991年，东平县完成东平湖经济开发、移民安置项目165个，被评为全国水库移民工作先进单位。
1996年1月，省委、省政府决定把平阴县的旧县乡划归东平县，对东平湖进行统一管理和综合开发。省委、省政府在东平县召开东平湖开发建设现场办公会，通过《东平湖开发建设综合规划》，要求省、市、县三级筹集资金，乡村投工投劳，共同开发建设东平湖。至1999年，完成东平湖开发项目105个，总投资5.67亿元，其中省投资2.3亿元，市投资6912万元，县、乡、村配套资金2.68亿元。新架35千伏输电线路27公里，改造10千伏输电线路78公里，大修改造道路110公里，架设环湖通信光缆44公里，新建通信模拟和数字基站2处、电视台1处、希望小学2处，新建、扩建乡镇卫生院4处、敬老院10处；改造涝洼地6667公顷、沙化地200公顷，加固浅滩地围坝28公里；新打机井30眼，新建及维修大型排灌站8座，铺设输水管道36公里，受益面积5733公顷，解决30个村、3.5万人吃水困难；向东平湖投入大银鱼卵1000万粒，彭泽鲫鱼苗250万尾，发展网箱8000架，网围养蟹、养鱼面积1667公顷，池塘养殖面积2667公顷。湖区水产品产量5万吨，人均占有粮食由开发前的87公斤增长到218公斤，湖区群众的温饱问题基本解决。2002年，解决东平湖区11个村、7万人吃水问题。市、县两级水利主管部门按照生产绿色无公害农产品规划要求，在新湖乡建设藕鱼、藕蟹混养标准化无公害产品示范基地1733.33公顷，产鲜藕6500吨，鱼虾130吨。同时，新湖乡和商老庄乡开展小城养殖证制度试点工作，落实养殖面积80公顷。