一、生态农业示范村镇建设
1986年，全市开展生态农业试点村建设。至1990年，全市建成生态农业试点村18个，其中省级试点2个。1995年，肥城市被列为全省生态农业建设试点县（市、区）。1999年，肥城市农业总产值22.85亿元，林木覆盖率28.95%，水土流失基本得到治理，秸秆还田率46%，土壤有机质1.26%，病虫害综合防治面积80%以上，农产品商品率62%，建沼气池1.28万立方米，推广太阳能热水器使用面积8万平方米，建成的生态工程面积占农田总面积的66%。2000年，宁阳县建成生态农业试点村20个。2001年，全市开始建设生态农业示范乡镇。市农业局在岱岳区下港乡、良庄镇和东平县大安山乡进行生态农业示范乡镇建设。2002年，宁阳县被列为省级生态农业试点县，全市建成生态农业示范乡镇3个。岱岳区良庄镇以绿色环保为前提，通过选、繁、育、引、推优质新品，良种覆盖率达95%，并建设333.3公顷的工厂化高效生态农业示范园1处，其中示范园中马铃薯生产基地被农业部命名为无公害农产品基地。
二、农业环境质量监测
1991—1994年，市农业局环保站（简称市环保站）对市内7个县（市、区）、39个乡（镇、办事处）主要农畜产品有害物质残留进行监测，采集各类样品64个，其中农产品样品37个、畜产品样品27个，监测分析项目16个，获得有效数据780个，超标103个，其中镉、铅、氟、锌、铜占的比重较大，超标样品基本出现在重点污染的局部地区，范围不大。1996—1998年，市环保站对21个乡镇的污水灌区的地表水、粮食、果品、蔬菜所含重金属砷、铅、镉、铬取样51个，获得有效数据669个，超标138个，其中镉、铅占的比重较大。同时，对六六六、滴滴涕、乐果等6种农药在蔬菜、鲜果、肉、蛋、奶中残留取样25个进行监测，获得有效数据300个，无超标样品。1999—2000年，市环保站配合省环境监测站对岱岳区、肥城市、宁阳县、东平县第二期利用世行贷款加强灌溉农业项目区的农作物、水、土进行布点监测，每年取样2次，定期监测。2000年，根据《山东省基本农田保护生态环境质量五年计划和2010年规划》，县（市、区）固定基本农田环境保护监测点8个，定期化验监测。2001—2002年，市环保站配合省农业厅环境保护总站对32个无公害农产品产地、6个绿色食品产地的环境（大气、水、土壤中有害物质含量）进行监测，监测结果全部合格，均达到无公害农产品、绿色食品环境产地质量标准。
三、无公害农产品质量认证
1993年，全市开始实施绿色食品认证。新泰市放城镇667公顷香椿和石莱镇667公顷花生获农业部绿色食品发展中心认证。1997年，肥城市4000公顷蔬菜获农业部绿色食品发展中心认证，注册商标“济河堂”牌，生产蔬菜1.8万吨，产值2.62亿元人民币，出口创汇2000万美元。2000年，肥城市石横镇667公顷韭菜获省农业厅无公害农产品认证，注册商标“石横”牌。至2002年，全市获农业部认证绿色产品13个，种植面积5920公顷，产量8.66万吨；获国家环保局认证有机食品10个，种植面积5107公顷，产量20.64万吨；获省农业厅认证无公害农产品58个，种植面积6.12万公顷，产量171.4万吨。在北京蔬菜市场首批准入的候选产品中，泰安17个产品获选，占全省总数的30%。