一、鱼类
2002年，市内有鱼类70种，分别隶属7目20科50属。以鲤、鲫、草鱼、淡水白鲳、鲢、鳙、乌鳢、鲶鱼、甲鱼、银鱼、罗非鱼、泰山赤鳞鱼等为主要经济鱼类。东平湖有鱼类55种，以鲤、鲫、乌鳢、红鳍鮊、黄颡、翘嘴红鮊麦穗、鲶鱼等为主要经济鱼类，其中鲫鱼数量居首位，其次是鲤鱼和乌鳢。水库以人工养殖的大型经济鱼类为主，其中鲢、鳙滤食性鱼类和网箱养殖建鲤、罗非鱼约占总量的90%，其次是鲤、鲫、银鱼、鳊、鲂、鲴等杂食性鱼类。银鱼在许多水库中均有分布，但产量较低。坑塘水域以养殖大型经济鱼类为主，主要品种是鲢、草、鲤、鲫鲂、罗非鱼、鲶鱼、鳙、淡水白鲳、甲鱼、大口胭脂鱼、斑点叉尾鮰等。生长在泰山山涧溪流中的泰山赤鳞鱼（又名石鳞鱼）与富春江的鲥鱼、青海湖的鳇鱼、松江的鲈鱼、长江的中华鲟并列为全国五大名鱼，是泰安特有的珍稀鱼种和省重点保护鱼类。
二、虾蟹类
1985年，全市虾类资源主要有中华米虾、日本沼虾、秀丽白虾、澳洲龙虾、大青虾、南美白对虾等。前三种主要分布在湖泊、水库，后两种为引进虾类，由人工养殖。蟹类资源主要有青蟹（河沟小蟹）和毛蟹。2002年，人工养殖的虾蟹类有澳洲龙虾、大青虾和毛蟹。
三、贝类
2002年，淡水贝类主要分布在东平湖和部分水库，其中螺类16种，蚌类12种，蚬类2种。螺类主要有中华圆田螺、环棱螺、纹沼螺、涵螺，分布量每平方米0.18公斤，育珠价值的褶纹冠蚌及三角帆蚌资源已近绝迹。
四、水生经济植物
市内种植水生经济植物历史悠久，西部的平原低洼地带及东平湖区是重点产区。2002年，市内水生经济植物主要品种有藕、苇、蒲草、菱角、芡实，其中以莲藕为最多。此外，还有水生维管束植物。
芦苇 分种生、根生两类，产于湖边、洼地和沟渠旁。主要产区是东平湖，芦苇屏风、苇箔等苇制品畅销省内外。1985年，境内芦苇面积2066.67公顷，产芦苇1.5万吨。由于干旱和过度开发等原因，规模逐年减小。2002年，芦苇面积有160公顷，产量1200余吨。
藕 分坑藕和池藕两种。1985年，种植面积530余公顷，产藕4000余吨。2000年，开始兴起硬化藕池建设，藕的最高产量每公顷105吨，最低产量每公顷60吨。2002年，全市种植面积654公顷，产藕1.43万吨。
蒲草 主要产于东平县。1985年，东平县蒲草面积233.33公顷，产量800余吨。蒲草可编制蒲包、蒲席、蒲苕扇、苕子、蒲绳和草鞋等，生产蒲包100多万个。其他县（市、区）蒲草面积小、产量低，经济效益较差。20世纪80年代后期，全市蒲草面积有所减小。2002年，全市蒲草面积为66.67公顷，产量200吨。
菱角 东平湖为主产区。分有角、无角两类。有角类有两角、三角、四角、疙瘩菱等4种，角尖都有例刺，无角类称秃头菱。2002年种植面积2000公顷，产量3300吨。
芡实 又称鸡头米，供药用，亦可食用。系东平湖特产，宜于深1米左右的污泥底生长。因东平湖水位不稳定，其产量波动较大。1985年产量1800吨。2002年面积660公顷，产量1000吨。